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SAM特异性识别方法

描述

通过单击SAM图中的相应点来获得基因的特定基因信息

使用

find (x, showText = TRUE, getInfo = TRUE, pos = 4, cex = 0.8, add.xy = numeric(2), n.digits = 3, ask = FALSE, ll = FALSE, browse = FALSE, chip= "",…)

参数

x SAM对象
showText 逻辑指示基因名称是否应该在识别点附近绘制
pos 数值,指定绘制基因名称的位置。默认是4(在点的右边)。有关详细信息和其他规格,请参阅文本吗?
cex 指定绘制文本的相对大小的数值。详情见?不相上下
添加、xy 长度为2的数值向量。文本被绘制出来add.xy [1]x方向上的单位add.xy [2]从默认绘制位置开始的y方向单位
n.digits 指定输出中小数位数的整数
逻辑指示在识别下一个点之前是否应该询问用户
逻辑指示是否将位点链接和基因符号都添加到输出中
浏览 逻辑指示是否打开所识别点的轨迹链接对应的NCBI网页。忽略了如果你= FALSE
芯片 指定此分析中使用的芯片类型的字符串。忽略了如果你= FALSE,如果参数数据山姆(数据、cl…)已由ExpressionSet对象芯片不需要指定
> >代码… 其他选项如上校对于绘制的文本。看到文本吗?

请注意

SAM是由Tusher等人(2001)开发的。

! !斯坦福大学正在申请SAM技术的专利。!!!

作者(年代)

Holger Schwender,holger.schw@gmx.de

参考文献

Tusher, v.g., Tibshirani, R.和Chu, G.(2001)。微阵列在电离辐射响应中的显著性分析。PNAS, 98, 5116-5121。

另请参阅

山姆SAM-class总结