# #消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(motifmatchr)库(GenomicRanges)图书馆(SummarizedExperiment)图书馆(BSgenome) #加载一些示例主题数据(example_motifs、包=“motifmatchr”) #做一组峰山峰< -农庄(seqnames = c (“chr1”、“chr2”、“chr2”),范围= IRanges(开始= c(76585873、76585873和76585873),宽度= 500))#得到主题比赛例如图案在山峰motif_ix < - matchMotifs (example_motifs,山峰,基因组=“hg19”) motifMatches (motif_ix) #从结果中提取匹配矩阵#得到图案位置在山峰例如图案在山峰motif_pos < - matchMotifs (example_motifs,山峰,基因组=“hg19”=“位置”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #使用峰值motif_ix_peaks < - matchMotifs (example_motifs,山峰,基因组=“hg19”) #使用SummarizedExperiment example_SummarizedExperiment < - SummarizedExperiment(化验=列表(数量=矩阵(1 ncol = 4 nrow = 3)), rowRanges =山峰)motif_ix_SummarizedExperiment < - matchMotifs (example_motifs example_SummarizedExperiment,基因组=“hg19”) all.equal (motifMatches (motif_ix_peaks) motifMatches (motif_ix_SummarizedExperiment)) # #消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #使用BSgenomeViews example_BSgenomeViews < - BSgenomeViews (BSgenome.Hsapiens.UCSC。hg19山峰)motif_ix_BSgenomeViews < - matchMotifs (example_motifs example_BSgenomeViews) all.equal (motifMatches (motif_ix_peaks) motifMatches (motif_ix_BSgenomeViews)) # #消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #使用DNAStringSet库(Biostrings)图书馆(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) example_DNAStringSet < getSeq (BSgenome.Hsapiens.UCSC。hg19山峰)motif_ix_DNAStringSet < - matchMotifs (example_motifs example_DNAStringSet) all.equal (motifMatches (motif_ix_peaks) motifMatches (motif_ix_DNAStringSet)) # #消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #使用特征向量example_character < - as.character (example_DNAStringSet) motif_ix_character < - matchMotifs (example_motifs example_character) all.equal (motifMatches (motif_ix_peaks) motifMatches (motif_ix_character)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - motif_ix < - matchMotifs (example_motifs,山峰,基因组=“hg19”, bg =“甚至”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - motif_ix < - matchMotifs (example_motifs,山峰,基因组=“hg19”, bg =“基因组”)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - motif_ix < - matchMotifs (example_motifs,山峰,基因组=“hg19”, bg = c (A = 0.2, = 0.3“c”,“G”= 0.3,“T”= 0.2)) # #消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(TFBSTools) example_pwms < -做。调用(PWMatrixList lapp (example_motifs、toPWM pseudocounts = 0.5)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - motif_ix < - matchMotifs (example_motifs,山峰,基因组=“hg19”)打印(motif_ix)头(motifMatches (motif_ix)) motif_ix_scores < - matchMotifs (example_motifs,山峰,基因组=“hg19”=“分数”)打印(motif_ix_scores)头(motifMatches (motif_ix_scores))头(motifScores (motif_ix_scores))头(motifCounts (motif_ix_scores)) motif_pos < - matchMotifs (example_motifs,山峰,基因组=“hg19”=“位置”)打印(motif_pos) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Sys.Date () # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()