提供流式细胞仪中使用的标准显示转换的实现。除了基本的计算一项,该实施的设计目标首先是使最终用户(即科学家)可以理解的这些转换,其次是减轻实施者的负担。为了实现以后,所有变换将实现,以便{@link edu.stanford.facs.transform.transform.transform.transform.transform#scale(double)scale}方法将适当的数据值映射到标准单位显示间隔[0,1]和{@link Edu.stanford.facs.transform.transform#iNverse(double)倒}映射始终实现。请注意,范围检查是呼叫程序的责任,此实施将以明智的方式绘制范围之外的数据值,但结果落在单位间隔之外,并且可能会降低精度。
为了使转换可理解,它们都是根据与用户体验密切相关的一致参数化定义的。所有变换均通过比例值顶点进行参数化t
,总是映射到比例位置1
。另外,对数和log light thruns transforms被参数化m
,由{@link edu.stanford.facs.transform.logarithmic} transform映射到单元显示间隔的数十年数据范围。日志量表也通过参数化w
和一个
,尽管它们不代表数据值的十倍变化,但它们与数十年的规模相称。w
控制{@link edu.stanford.facs.transform.logicle}的线性化度和{@link Edu.stanford.facs.transform.hyperlog}变换。参数一个
指定要大规模的负面数据值的附加范围。对于{@link edu.stanford.facs.transform.logicle}和{@link edu.stanford.facs.transform.hyperlog}转换这是对已经按比例提出的添加的。w
通常不需要。{@link edu.stanford.facs.transform.logicle},{@link edu.stanford.facs.transform.hyperlog}和{@link edu.stanford.facs.transform.arcsinh}用转换a = 0
所有人的行为都像{@link edu.stanford.facs.transform.logarithmic对数(t,m)}}的变换一样t
和m
对于大数据值。
当软件不实施特定转换时,这种选择的参数还会导致明智的倒退策略。例如,如果不可用徽标变换,则具有相同参数的超循环转换应该是合理的替代方案,反之亦然。如果两者都不可用{@link edu.stanford.facs.transform.arcsinh#arcsinh(double,double,double,double)arcsinh(t,m,m,w + a)},尽管几乎永远不会真正令人满意,至少会大致映射相同的数据范围在单元显示间隔上。最后,应该指出的是,{@link edu.stanford.facs.transform.arcsinh#arcsinh(double,double,double)arcsinh(t,m,m,a)}完全等同于{@link edu.stanford.fac.facs.facs.facs.transform.logicle#logicle(double,double,double,double)logicle(t,0,m,a)}},因此绝对不需要实现Arcsinh变换为单独的类。这里提供的主要是为了修复相关公式。
使用Log类似功能的一个实际缺点是,标准图形软件包不包含合适的轴绘图例程。充分解决此问题超出了此实现的范围,但是它确实为选择轴上的合适要点提供标签提供了一些帮助。每个变换都有一个{@link edu.stanford.facs.transform.transform.transform#axislabels()}方法,该方法返回一系列数据值,以便每个值的数据值的图形表示图形表示一个不错的默认显示。
由于无法使用分析的标准函数以其各自的逆函数来定义的logicle和HyperLOG函数以封闭形式表示。提供对数和Arcsinh的逆函数以进行比较。
转换 | 逆函数 |
---|---|
对数 | F-1(x)= a eB x |
徽标 | F-1(x)= a eB x-C e-d x+ f |
超记器 | F-1(x)= a eB x+ c x -f |
Arcsinh | F-1(x)= a sinh(b x -c) |
这是一个参考实现,通常在标准显示间隔中准确地兼容。它是相当快的,但精度较低的高度优化例程,仍然足够用于流式细胞仪的速度可能更快几倍。
登录方法最初在出版物中描述:
一种新的“ logicle”显示方法避免了对数缩放的欺骗性影响低信号和补偿数据在线可用PDF或者html。进一步的细化和此标准参数化已在出版物中介绍
大卫·R·帕克斯(David R. Parks),马里奥·罗德勒(Mario Roederer),韦恩·摩尔(Wayne A. Moore),
细胞仪A部分,第69A卷,第6期,第541-551页
更新日志数据量表,包括操作代码实现在线可用PDF或者html。
韦恩·摩尔(Wayne A. Moore),大卫·R·帕克斯(David R. Parks)
细胞仪部分A第81A卷,第4期,第273-277页,2012年4月
超链方法最初是在出版物中描述的:
Hyperlog - 负,零和正值数据的灵活的对数转换在线可用PDF或者html。
C.布鲁斯·巴格威尔
细胞仪A部分,第64A卷,第1期,第34-42页
该方法包含在国际细胞仪协会的门控-ML拟议标准中。可以提供门控ML的规格这里。
如果满足以下条件:
该软件由版权所有者和贡献者“原样”提供,任何明示或暗示的担保,包括但不限于对适销性和针对特定目的的隐含保证。在任何情况下,版权持有人或贡献者均不应对任何直接,间接,偶然,特殊,特殊,示例性或结果损失均不承担任何责任(包括但不限于替代商品或服务的采购;损失使用,数据或利润;但是,即使在合同,严格的责任或侵权行为(包括过失或其他)中,无论是在使用本软件的情况下,还是在任何责任理论中引起的责任理论,无论是在合同,严格的责任还是其他责任理论中)。
根据美国专利6,954,722,该登记法获得专利。但是,斯坦福大学没有为非营利的学术目的或用于流式细胞仪领域的商业用途执行该专利。
@Author Wayne A. Moore @version 1.0