# #——ultaQuick - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(河)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -文件名< -系统。文件(“extdata”、“simulation_RIVER。广州”,包=“河”)dataInput < - getData进口实验数据(文件名)# # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -打印(dataInput)壮举< - t (Biobase:: exprs (dataInput)) #基因组功能(G) < - as.numeric (unlist (dataInput例外)美元)1 #异常状态(E) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -(专长)负责人()# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - evaROC < - evaRIVER (dataInput) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -猫(AUC (GAM-genomic注释模型)=,(evaROC GAM_auc美元,3),' \ n ')猫(AUC(河)=,(evaROC RIVER_auc美元,3),' \ n ')猫(假定值,格式。pval (evaROC pvalue美元,数字= 2,每股收益= 0.001),“* * * \ n”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - par (mar = c(6.1, 6.1, 4.1, 4.1))情节(NULL, xlim = c (0, 1), ylim = c (0, 1), xlab =“假阳性”,ylab =“真阳性率”,cex.axis = 1.3, cex.lab = 1.6) abline(0, 1,坳=“灰色”)行(1-evaROC RIVER_spec美元,evaROC RIVER_sens美元,类型=“s”,上校= dodgerblue, lwd = 2)线(1-evaROC GAM_spec美元,evaROC GAM_sens美元,类型=“s”,上校= mediumpurple, lwd = 2)传说(0.7,0.2,c(“河”、“社交”),lty = c (1, 1), lwd = c(2, 2),坳= c (“dodgerblue”、“mediumpurple”), cex = 1.2, pt.cex = 1.2,电池=“n”)标题(主要=粘贴(AUC:河=》(evaROC RIVER_auc美元,3),“GAM =”轮(evaROC GAM_auc美元,3),”P =”格式。pval (evaROC pvalue美元,数字= 2,每股收益= 0.001),9 = " "))# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - postprobs < - appRIVER (dataInput) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - example_probs < - data.frame(主题= postprobs indiv_name美元,基因= postprobs gene_name美元,RIVERpp = postprobs RIVER_posterior美元,GAMpp = postprobs GAM_posterior美元)头(example_probs) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plotPosteriors (postprobs,离群值= as.numeric (unlist (dataInput例外)美元)1)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -文件名< -系统。文件(“extdata”、“simulation_RIVER。广州”,包=“河”)dataInput < - getData(文件名)#导入实验数据evaROC < - evaRIVER (dataInput pseudoc = 50, theta_init =矩阵(c (。99 .01点。3、7),nrow = 2),成本= c (100、10、1。1 . 01, 1 e - 3, 1)的军医,verbose = TRUE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - postprobs < - appRIVER (dataInput pseudoc = 50, theta_init =矩阵(c (。99 .01点。3、7),nrow = 2),成本= c (100、10、1。1 . 01, 1 e - 3, 1)的军医,verbose = TRUE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -打印(postprobs fitRIVERβ美元)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -打印(postprobs fitRIVERθ美元)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -文件名< -系统。文件(“extdata”、“simulation_RIVER。广州”,包=“河”)系统(粘贴(zcat,文件名,“|头2”,9 = " "),ignore.stderr = TRUE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - YourInputToRIVER < - getData进口实验数据(文件名)# # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # # #试试http://如果不支持https:// url # (!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(河)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # #会话信息图书馆(devtools)选项(宽度= 120)session_info ()