内容gydF4y2Ba

修改的字母表中使用这个包是基于DNA的编译修改由霍夫曼实验室gydF4y2Ba(Viner Sood和霍夫曼2019)gydF4y2Ba。字母表是修改使它的兼容gydF4y2BaModstringsgydF4y2Ba包中。gydF4y2Ba

如果修改失踪,让我们知道。gydF4y2Ba


表1:gydF4y2Ba DNA的修改由ModDNAString对象的列表。gydF4y2Ba
修改gydF4y2Ba 短名称gydF4y2Ba 命名法gydF4y2Ba 源自。基地gydF4y2Ba 缩写gydF4y2Ba
5-putrescinylthyminegydF4y2Ba 5分gydF4y2Ba 5分gydF4y2Ba TgydF4y2Ba pgydF4y2Ba
3-methylthyminegydF4y2Ba 3吨gydF4y2Ba 3吨gydF4y2Ba TgydF4y2Ba δgydF4y2Ba
O4-methylthyminegydF4y2Ba O4meTgydF4y2Ba O4meTgydF4y2Ba TgydF4y2Ba OgydF4y2Ba
1-methylthyminegydF4y2Ba 1吨gydF4y2Ba 1吨gydF4y2Ba TgydF4y2Ba ]gydF4y2Ba
5,6-dihydrothyminegydF4y2Ba 二氢睾酮gydF4y2Ba 二氢睾酮gydF4y2Ba TgydF4y2Ba DgydF4y2Ba
我²-glucosyl-hydroxymethyluracilgydF4y2Ba baseJgydF4y2Ba baseJgydF4y2Ba TgydF4y2Ba JgydF4y2Ba
5-formyluracilgydF4y2Ba 5 -氟尿嘧啶gydF4y2Ba 5 -氟尿嘧啶gydF4y2Ba TgydF4y2Ba egydF4y2Ba
5-hydroxymethyluracilgydF4y2Ba 5 hmugydF4y2Ba 5 hmugydF4y2Ba TgydF4y2Ba ggydF4y2Ba
5-dihydroxypentyluracilgydF4y2Ba dhpUgydF4y2Ba dhpUgydF4y2Ba TgydF4y2Ba ”gydF4y2Ba
5-carboxyluracilgydF4y2Ba 5标出gydF4y2Ba 5标出gydF4y2Ba TgydF4y2Ba bgydF4y2Ba
2》脱氧尿苷gydF4y2Ba 杜gydF4y2Ba 杜gydF4y2Ba TgydF4y2Ba UgydF4y2Ba
5,6-dihydroxy-2脱氧尿苷gydF4y2Ba DHdUgydF4y2Ba DHdUgydF4y2Ba TgydF4y2Ba ∝gydF4y2Ba
5 -尿苷(2-aminoethyl)gydF4y2Ba 5 nmugydF4y2Ba 5 nmugydF4y2Ba TgydF4y2Ba πgydF4y2Ba
2》-deoxyinosinegydF4y2Ba 迪gydF4y2Ba 迪gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 我gydF4y2Ba
7-methylguaninegydF4y2Ba 7毫克gydF4y2Ba 7毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 7gydF4y2Ba
6-O-methylguaninegydF4y2Ba 6毫克gydF4y2Ba 6毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 6gydF4y2Ba
3-methylguaninegydF4y2Ba 3毫克gydF4y2Ba 3毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 3gydF4y2Ba
2-methylguaninegydF4y2Ba 2毫克gydF4y2Ba 2毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 2gydF4y2Ba
1-methylguaninegydF4y2Ba 1毫克gydF4y2Ba 1毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba 1gydF4y2Ba
8-oxoguaninegydF4y2Ba 8 oxoggydF4y2Ba 8 oxoggydF4y2Ba GgydF4y2Ba 8gydF4y2Ba
7-amido-7-deazaguanosinegydF4y2Ba 7 a7dggydF4y2Ba 7 a7dggydF4y2Ba GgydF4y2Ba ∉gydF4y2Ba
1,N2-ethenoguaninegydF4y2Ba 12如gydF4y2Ba 12如gydF4y2Ba GgydF4y2Ba ⊆gydF4y2Ba
N2, 3-ethenoguaninegydF4y2Ba 23日如gydF4y2Ba 23日如gydF4y2Ba GgydF4y2Ba ⊇gydF4y2Ba
N2, N2-dimethylguanosinegydF4y2Ba 2、2毫克gydF4y2Ba 2、2毫克gydF4y2Ba GgydF4y2Ba RgydF4y2Ba
N2-carboxyethylguaninegydF4y2Ba 2 ceggydF4y2Ba 2 ceggydF4y2Ba GgydF4y2Ba αgydF4y2Ba
5-methylcytosinegydF4y2Ba 5 mcgydF4y2Ba 5 mcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba 米gydF4y2Ba
5-hydroxymethylcytosinegydF4y2Ba 5 hmcgydF4y2Ba 5 hmcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba hgydF4y2Ba
5-glucosylmethylcytosinegydF4y2Ba 5 gmcgydF4y2Ba 5 gmcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba ×gydF4y2Ba
5-formylcytosinegydF4y2Ba 5 fcgydF4y2Ba 5 fcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba fgydF4y2Ba
5-carboxylcytosinegydF4y2Ba 5 cacgydF4y2Ba 5 cacgydF4y2Ba CgydF4y2Ba 4gydF4y2Ba
4-methylcytosinegydF4y2Ba 4 mcgydF4y2Ba 4 mcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba νgydF4y2Ba
3,N4-ethenocytosinegydF4y2Ba 34 ecgydF4y2Ba 34 ecgydF4y2Ba CgydF4y2Ba XgydF4y2Ba
3-methylcytosinegydF4y2Ba 3 mcgydF4y2Ba 3 mcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba ”gydF4y2Ba
3-ethylcytosinegydF4y2Ba 3电子商务gydF4y2Ba 3电子商务gydF4y2Ba CgydF4y2Ba κgydF4y2Ba
2-O-methylcytosinegydF4y2Ba 2 mcgydF4y2Ba 2 mcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba ogydF4y2Ba
1-methylcytosinegydF4y2Ba 1 mcgydF4y2Ba 1 mcgydF4y2Ba CgydF4y2Ba (gydF4y2Ba
9-methyladeninegydF4y2Ba 马9gydF4y2Ba 马9gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba )gydF4y2Ba
7-methyladeninegydF4y2Ba 马7gydF4y2Ba 马7gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ηgydF4y2Ba
6-methyladeninegydF4y2Ba 马6gydF4y2Ba 马6gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba
4-methyladeninegydF4y2Ba 4马gydF4y2Ba 4马gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ⇓gydF4y2Ba
3-methyladeninegydF4y2Ba 马3gydF4y2Ba 马3gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ⇑gydF4y2Ba
1-methyladeninegydF4y2Ba 马1gydF4y2Ba 马1gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ”gydF4y2Ba
6-hydroxyaminopurinegydF4y2Ba 6 haagydF4y2Ba 6 haagydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba √gydF4y2Ba
2-aminoadeninegydF4y2Ba 马2gydF4y2Ba 马2gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba /gydF4y2Ba
2-amino-6-hydroxyaminopurinegydF4y2Ba 2 a6haagydF4y2Ba 2 a6haagydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ≡gydF4y2Ba
N6, N6-dimethyladeninegydF4y2Ba 马6,6gydF4y2Ba 马6,6gydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ζgydF4y2Ba
N6-carbamoylmethyladeninegydF4y2Ba 6 ncmagydF4y2Ba 6 ncmagydF4y2Ba 一个gydF4y2Ba ~gydF4y2Ba 
sessionInfo ()gydF4y2Ba
# # R版本操作(2019-12-12)# #平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)# #下运行:Ubuntu 18.04.3 LTS # # # #矩阵产品:默认# #布拉斯特区:/home/biocbuild/bbs - 3.10 - bioc / R / lib / libRblas。所以# # LAPACK: /home/biocbuild/bbs - 3.10 - bioc / R / lib / libRlapack。# # # #语言环境:# # [1]LC_CTYPE = en_US。UTF-8 LC_NUMERIC=C ## [3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=C ## [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 ## [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C ## [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C ## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C ## ## attached base packages: ## [1] stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets ## [8] methods base ## ## other attached packages: ## [1] Modstrings_1.2.1 Biostrings_2.54.0 XVector_0.26.0 ## [4] IRanges_2.20.2 S4Vectors_0.24.3 BiocGenerics_0.32.0 ## [7] BiocStyle_2.14.4 ## ## loaded via a namespace (and not attached): ## [1] Rcpp_1.0.3 assertive.data_0.0-3 ## [3] highr_0.8 compiler_3.6.2 ## [5] BiocManager_1.30.10 GenomeInfoDb_1.22.0 ## [7] bitops_1.0-6 assertive.files_0.0-2 ## [9] tools_3.6.2 assertive.properties_0.0-4 ## [11] zlibbioc_1.32.0 assertive.data.us_0.0-2 ## [13] digest_0.6.23 assertive_0.3-5 ## [15] evaluate_0.14 assertive.base_0.0-7 ## [17] rlang_0.4.4 yaml_2.2.1 ## [19] xfun_0.12 GenomeInfoDbData_1.2.2 ## [21] stringr_1.4.0 knitr_1.27.2 ## [23] assertive.sets_0.0-3 assertive.matrices_0.0-2 ## [25] assertive.strings_0.0-3 assertive.types_0.0-3 ## [27] assertive.datetimes_0.0-2 assertive.code_0.0-3 ## [29] rmarkdown_2.1 bookdown_0.17 ## [31] magrittr_1.5 assertive.models_0.0-2 ## [33] assertive.numbers_0.0-2 codetools_0.2-16 ## [35] htmltools_0.4.0 GenomicRanges_1.38.0 ## [37] stringi_1.4.5 assertive.data.uk_0.0-2 ## [39] RCurl_1.98-1.1 assertive.reflection_0.0-4

引用gydF4y2Ba

科比Viner Sood Ankur胜利,迈克尔·m·霍夫曼。2019。“DNAmod: Dna数据库修改。”gydF4y2BaCheminformatics杂志gydF4y2Ba11 (1):30。gydF4y2Bahttps://doi.org/10.1186/s13321 - 019 - 0349 - 4gydF4y2Ba。gydF4y2Ba