疾病本体(DO)(Schriml et al. 2011)旨在为集成与人类疾病相关的生物医学数据提供一个开源本体。我们开发了剂量(Yu et al. 2015)包装促进疾病调查。剂量提供五个方法，包括蕾斯尼克，林，姜，Rel而且王用于测量DO术语和基因产物之间的语义相似性;超几何模型和基因集富集分析(GSEA)还用于将疾病与基因列表关联，并从全基因组表达谱中提取疾病关联信息。
丰富分析支持疾病本体(DO)(Schriml et al. 2011)癌症基因网络(NCG)(A. et al. 2016)和DisGeNET(Janet et al. 2015)．此外，还提供了几种可视化方法enrichplot帮助解释语义和丰富结果。
引用
如果你使用剂量在已发表的研究中，请引用G. Yu(2015)。
G余，王lg，闫睿，何启勇。DOSE:用于疾病本体语义和丰富分析的R/Bioconductor包。生物信息学2015年,31(4):608 - 609。http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu684．
装饰图案
请转至https://yulab-smu.github.io/clusterProfiler-book为完整的小插图的富集分析。
语义分析请转//www.anjoumacpherson.com/packages/devel/bioc/vignettes/DOSE/inst/doc/semanticAnalysis.html．
需要帮助吗?
如果您有任何问题，请访问剂量的主页第一。你的问题大多都有文档记录。如果你认为你发现了一个漏洞，请跟随该指南并提供一个可复制的例子张贴Github问题跟踪器．如有疑问，请发送至生物导体支持站点并在你的帖子上加上剂量．
参考文献
A.， Omer, Giovanni m.d.，灭霸p.m.和弗朗西斯卡d.c. 2016。“NCG 5.0:从癌症突变筛查中手动策划的癌症基因和相关属性库的更新。”核酸研究44 (D1): D992-D999。https://doi.org/10.1093/nar/gkv1123．
Janet, P.， Núria Q.R， Àlex B.， Jordi D.P.， Anna B.M.， Martin B.， Ferran S.， and Laura i.f. 2015。DisGeNET:人类疾病及其基因动态探索的发现平台数据库2015 (3): bav028。https://doi.org/10.1093/database/bav028．
施瑞尔，L. M.， C. Arze, S. Nadendla, y - w。张文文，马扎提斯，冯国强，冯国强。2011。疾病本体:疾病语义集成的主干。核酸研究40 (D1): D940-D946。https://doi.org/10.1093/nar/gkr972．
于广创，王立根，闫广荣，何清宇。2015。DOSE:用于疾病本体语义和丰富分析的R/Bioconductor包。生物信息学31(4): 608 - 9。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu684．