在2019年春季中心(AnnotationHub/ExperimentHub)升级后端使用BiocFileCache。这个升级改变了资源下载和保存。中心代码本身确保有效性的同时,可以访问BiocFileCache直接的资源中心前端,打开有缓存问题的可能性。本文档将会涉及一些故障排除这些问题以及其他常见问题。如果不能发现问题或答案请的Bioconductor支持网站或邮件列表< bioc-devel@r-project.org >
无效的缓存错误结果失踪在中心的BiocFileCache sqlite或索引文件。中心代码需要这些文件,以便正确操作。重新运行中心构造函数(AnnotationHub ()或ExperimentHub ()再一次)。如果你正试图运行构造函数localHub = TRUE,你要跑了localHub = FALSE至少一次重新下载中心sqlite文件。
腐败的缓存错误结果BiocFileCache中的多个条目匹配查询特定文件。这将包括移除一个、多个或一个文件的所有条目。请看下面的具体部分虽然都遵循同样的原则。
如果sqlite文件是有问题的文件您应当会看到类似下面的(也许是experimenthub。分别sqlite3)
>啊= AnnotationHub()错误:腐败缓存:sqlite文件看到装饰图案部分腐败缓存缓存:/home/lori/.缓存/ AnnotationHub文件名:annotationhub.sqlite3你需要调查的底层BiocFileCache中心和删除部分或全部文件,这样只有一个条目的文件名。构造函数调用BiocFileCache列为与路径缓存的错误消息。
库(BiocFileCache)均< - BiocFileCache (“/ home / lori / .cache / AnnotationHub”)现在我们可以查询BiocFileCache使用文件名的错误消息。这对文件名显示条目的数量。只能有一个行
res < bfcquery (annotationhub黄东海。”sqlite3”=“rname”,确切= TRUE) res #一个宠物猫:2 x 10掉rname create_time access_time rpath rtype fpath last_modified_t…etag <空空的> <空空的> <科> <空空的> <空空的> <科> <空空的> <空空的> <科> 1 BFC1庵野…2019-03-05…2019-03-05…/ hom…web的http…2019-02-19 19:1…NA 2 BFC13庵野…2019-03-06…2019-03-06…/ hom…rela…/ hom…NA NA与1 #…更多的变量:<双>到期您将需要deterime如果可以验证哪些条目应该是通过评估缓存中的条目;[dplyr包][]方法为解析宠物猫res对象可能是有用的。
如果你能识别哪些条目应该保持——删除缓存中的其他条目或重命名函数通过调用BiocFileCache rname bfcremove或bfcupdate冒犯的条目
库(dplyr) res % > %选择(去掉,rname rpath, fpath) #重命名的例子rname bfcupdate(黄东海rid =“BFC13 rname =“我重命名rname”) #例子删除bfcremove(黄东海rid =“BFC13”)如果你不能找出哪些条目应该保持我建议删除所有条目,这样一个新的redownload可以发生。然后调用构造函数的中心。
bfcremove(黄东海rid = res摆脱美元)啊= AnnotationHub ()力redownload sqlite中心的文件可以通过refreshHub函数。指定的Bioconductor中心重新下载用AnnotationHub或ExperimentHub hubClass参数。
ah2 = refreshHub (hubClass =“AnnotationHub”)如果索引文件是有问题的文件您应当会看到类似下面的(也许是experimenthub.index。rds)
>啊= AnnotationHub () snapshotDate(): 2019-02-19错误:腐败缓存:索引文件看到装饰图案部分腐败缓存缓存:/home/lori/.缓存/ AnnotationHub文件名:annotationhub.index.rds你需要调查的底层BiocFileCache中心和删除部分或全部文件,这样只有一个条目的文件名。构造函数调用BiocFileCache列为与路径缓存的错误消息。
库(BiocFileCache)均< - BiocFileCache (“/ home / lori / .cache / AnnotationHub”)现在我们可以查询BiocFileCache使用文件名的错误消息。这对文件名显示条目的数量。只能有一个行
res < bfcquery (annotationhub.index黄东海。”rds”=“rname”,确切= TRUE) res #一个宠物猫:2 x 10掉rname create_time access_time rpath rtype fpath last_modified_t…etag <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <科> 1 BFC2庵野…2019-03-05…2019-03-05…/ hom…rela…66 d4…NA NA BFC14庵野…2019-03-06…2019-03-06…/ hom…rela…/ hom…NA NA与1 #…更多的变量:<双>到期您将需要deterime如果可以验证哪些条目应该是通过评估缓存中的条目;[dplyr包][]方法为解析宠物猫res对象可能是有用的。
如果你能识别哪些条目应该保持——删除缓存中的其他条目或重命名函数通过调用BiocFileCache rname bfcremove或bfcupdate冒犯的条目
库(dplyr) res % > %选择(去掉,rname rpath, fpath) #重命名的例子rname bfcupdate(黄东海rid =“BFC14 rname =“我重命名rname”) #例子删除bfcremove(黄东海rid =“BFC14”)如果你不能找出哪些条目应该保持我建议删除所有条目,这样一个新的redownload可以发生。然后调用构造函数的中心。
bfcremove(黄东海rid = res摆脱美元)啊= AnnotationHub ()如果资源路径是一个问题,这表明可能有重复的文件缓存中。可能只存在在任何给定的时间表示的一个下载文件路径/资源文件名模式”。这个错误表示重复的值
错误应类似于
错误:腐败缓存:资源路径看到装饰图案部分腐败缓存缓存:/home/lori/.缓存/ AnnotationHub潜在的重复的文件:499 d6769cf1d_5012 66 d42a51a258_5012你需要调查的底层BiocFileCache中心和删除部分或全部文件,这样只有一个条目资源路径。构造函数调用BiocFileCache列为与路径缓存的错误消息。
库(BiocFileCache)均< - BiocFileCache (“/ home / lori / .cache / AnnotationHub”)现在我们可以查询BiocFileCache使用重复的文件的错误消息。
res < bfcquery(黄东海、“5012”=“rpath”,确切= FALSE) res #宠物猫:2 x 10掉rname create_time access_time rpath rtype fpath last_modified_t…etag <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <科> 1 BFC3 AH50…2019-03-05…2019-03-05…/ hom…web的http…2014-03-28 09:2…dd0c…2 BFC19 dup…2019-03-06…2019-03-06…/ hom…web的http…2014-03-28 09:2…dd0c…与1 #…更多的变量:<双>到期您将需要deterime如果可以验证哪些条目应该是通过评估缓存中的条目;[dplyr包][]方法为解析宠物猫res对象可能是有用的。
如果你能确定哪些条目应该保持——删除缓存中的其他条目或重命名rname通过调用bfcremove BiocFileCache功能。如果你不能最好的appropate是删除资源和redownload一个新的条目。
#删除单一入口bfcremove(黄东海rid =“BFC19”) #删除所有bfcremove(黄东海rid = res摆脱美元)如果查询导致只有一个入口,可能就有一个文件在你的缓存位置的格式类似于缓存中的条目,必须删除或重命名。一个例子
错误:腐败缓存:资源路径看到装饰图案部分腐败缓存缓存:/home/lori/.缓存/ AnnotationHub潜在的重复的文件:45 b42ba7aaa1_38317 7 a4726896632_38317但当你查询只有一个值
> res < bfcquery(黄东海、“38317”=“rpath”领域,确切= FALSE) > res #宠物猫:1 x 10掉rname create_time access_time rpath rtype fpath last_modified_t…etag <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <空空的> <科> 1 BFC37 AH32…2019-03-08…2019-03-08…/ hom…web的http…2013-07-25 07:0 11 c3……#…一个变量:<双>到期的文件路径有效条目
> bfcinfo(黄东海,摆脱= " BFC37 ") % > % dplyr::选择(rpath) #一个宠物猫:1 x 1 rpath <科> 1 /home/lori/.cache/AnnotationHub / 45 b42ba7aaa1_38317因此,我们想要移动或重命名文件7 a4726896632_38317。
> fl < file.path (hubCache(啊),“7 a4726896632_38317”) > [1]“/ home / lori /。缓存/ AnnotationHub / 7 a4726896632_38317”>拆开(fl)如果资源id是有问题的,这通常意味着有BiocFileCache中的条目是一样的rname。你会看到一个错误类似如下:
>缓存(啊[1:4])添加rname AH5015: 5015的错误:腐败缓存:资源id看到装饰图案部分腐败缓存缓存:/home/lori/.缓存/ AnnotationHub原因:并不是所有的“rnames”发现或独一无二的。你需要调查的底层BiocFileCache中心和删除或重命名资源所以没有重复rnames缓存。
库(BiocFileCache)均< - BiocFileCache (“/ home / lori / .cache / AnnotationHub”) bfcinfo黄东海)% > % dplyr::选择(rname)你可以删除bfcremove和可以重命名bfcupdate。
腐败的中心数据库错误结果无效的sqlite文件中心。也许最初的下载中断或文件被覆盖。
你要删除当前下载文件,因此它可以redownloaded sqlite。
输出你收到了类似于以下几点:
>啊= AnnotationHub()错误:腐败中心数据库;看到小插图部分腐败数据库数据库:“/ home / lori / .cache / AnnotationHub / 66 d467fcefa5_annotationhub。sqlite3的原因:丢失的表最简单的解决办法是删除文件列入数据库:在上面的输出。
从上面的示例# file.remove (“/ home / lori / .cache / AnnotationHub / 66 d467fcefa5_annotationhub.sqlite3”)现在重新运行构造函数应该redownload一个有效的数据库对象。
这只发生在使用中心对象指定访问本地下载的文件(例如< -中心AnnotationHub (localHub = TRUE)无法找到)和资源在当前BiocFileCache数据库。类似的错误
错误:不能重新运行构造函数检索资源和“localHub = FALSE”或排除ID请求资源中没有本地缓存:AH66165: 72911选项来改变中心对象isLocalHub = FALSE(isLocalHub(中心)<假)文件可以下载。如果不能做到这一点,因为上网或其他问题,资源将不可用。如果这是一个子集的一部分下载、删除资源id的子集。