1.3版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o systemPipeR概述是一个R / Bioconductor包来构建和运行自动化分析工作流广泛的下一代序列(上天)应用程序。重要特性包括一个统一的工作流接口在不同门店应用程序,自动报告生成,并支持R和命令行运行软件,如门店调整器或峰值/变量调用者,在本地计算机或计算集群。有效地处理复杂的样本集和实验设计是通过持续实现样本注释的基础设施。最重要的增强o即将发布的包如下所示。总会在工作流o增添了新的端到端工作流3其他门店应用领域:- Ribo-Seq和polyRibo-Seq ChIP-Seq VAR-Seq之前的版本RNA-Seq systemPipeR只包括一个完整的工作流程。o添加数据包“systemPipeRdata”与一个命令生成systemPipeR工作流环境(genWorkenvir)包含所有参数文件和所需样本数据快速测试和运行工作流。这种变化也将允许更多的代码示例的评价小插曲包构建/测试过程中比在过去这是可能的。o约20包添加了新功能。预处理程序一些示例:读函数支持SE和PE读取-并行化选项的详细FASTQ质量报告阅读分配块中所有可用功能基因组注释(见? featuretypeCounts)——可视化的报道趋势记录总结为任意数量的记录(见? featureCoverage) -功能预测uORFs / sORFs和使用这些表达式分析——微分表达式/绑定分析包括现在DESeq2以及磨边机o为额外的命令行参数模板添加软件,包括但不限于:BWA-MEM, GATK BCFtools MACS2 o采用R减价为主要装饰图案。未来的计划是提供对所有工作流的报告模板格式:乳胶/ PDF和R_Markdown / HTML。 WORFLOW FRAMEWORK o Simplified design of complex analysis workflows. Workflows can now include any number or combination of R and/or command-line steps o Improvements to workflow automation and parallelization on single machines and computer clusters. This also includes now many additional parallelization examples in the workflow vignettes.