版本1.2.0 +的变化切换到一个更快的Swish版本,它只计算一次数据的排名,然后重新使用这个排列分布。这样就绕过了每次排列所增加的均匀噪声,并且速度快了10倍。仍然需要重新计算每个排列的秩的两种设计是配对分析和一般相互作用分析。两组、分层两组和成对交互分析现在默认使用新的fast方法,但是可以通过在调用swish()中设置fast=0来使用原来的较慢的方法。+添加基于rcp的函数reads(),由Avi Srivastava编写,导入Alevin的高效数据存储(EDS)格式存储的稀疏计数。+改变小插图,使它(将)使用一个linkedTxome,因为有时构建将中断,如果生物构建机器无法访问ftp.ebi.ac.uk。+添加'computeInfRV'功能。在Swish方法中没有使用InfRV,在Swish论文中仅用于可视化目的。+从导入中删除'samr',因为它需要源安装,移动到建议,用于可选的qvalue计算0.99.30版本的更改+添加了两个交互测试,在?swish中描述+合并qvalue包用于pvalue, locfdr和qvalue +添加plotMASwish()以方便绘图+ wilcoxP被删除,并使用平均值代替0.99.0版本的更改+鱼塘准备提交到Bioc