更改版本1.24.0 -------------------------新功能o增加了使用HISAT2(通过risat2包)对拼接对齐的支持o从Rsamtools迁移到Rhtslib C库对bam文件的操作o迁移单元测试从RUnit到测试，o忽略引用删除(BAM_CDEL)在qCount(…， reportLevel = "junction")变化版本1.10.0 -------------------------新功能o qExportWig获得createBigWig参数，现在可以直接创建bigWig文件o qQCReport现在也生产bams -file项目的基本质量图取样读取bam文件o qCount，qProfile和qExportWig获得了一个包括/排除次要校准参数，同时计数VERSION 1.8.0中的变化-----------------------发表o描述类星体包的论文已发表(见引文(“类星体”)):Gaidatzis D. et al.，生物信息学，2015。doi:10.1093/bioinformatics/btu781新功能o开始实现对BiocParallel的支持，允许QuasR也运行在批处理集群上(支持目前仅限于qQCReport)版本1.4.0的变化-----------------------新功能o新参数mapqMin和mapqMaxm在qCount, qProfile，qMeth和qExportWig允许根据映射质量选择对齐o qAlign增益checkOnly参数，允许检查现有的对齐，而不会在丢失的情况下触发新的对齐-----------------------新功能o新的miRNA-seq样本数据;vignette现在已经有了ChIP-seq, RNA-seq, smRNA-seq/miRNA-seq, bi -seq和等位基因特异性分析的工作流程，qMeth可以报告单个分子的甲基化状态(reportLevel="alignment") o qCount/qProfile增益参数，以忽略剪接读数，在计算VERSION 1.0.0中的变化-----------------------初始发布o ChIP-seq，支持单端，配对端和等位基因特异性样本RNA-seq，支持剪接对齐，单端，配对端和等位基因特异性样本o Bis-seq，支持单端，配对端和等位基因特异性样本