# # # # # #版本1.15.2 Rebump版本1.15.1额外功能:- prot仍包的一部分,但服务器返回错误经常* * * BUG修复:-在突变故障修复检索各种aestetics调整代码——更好的错误处理getMutations熵和prot # # #版本1.13.0额外功能:* * * BUG修复:——一些破碎的链接到其他包功能现在固定# # #版本1.12.1额外功能:* * * BUG修复:——甚至更健壮的访问cgdsr # # #版本1.11.1额外功能:* * * BUG修复:-在.getMutations BUG修复更健壮的突变下载# # # # # # v1.3.3额外功能:* * * BUG修复:- BUG修复.MakeUniformModel泛型函数,因为零星的崩溃1.3.2 # # # # # #版本额外功能:线性调频脉冲方法错误-添加引用错误修复:当使用bw > 0 -小-添加错误修复。退出标准参数修正1.1.51 # # # # # #版本额外功能:* * * BUG修复:——简化的装饰图案和例子allPfamAnalysis和lfmSingleSequence 1.1.5 # # # # # #版本额外功能:* * * BUG修复:为防方法错误处理。当prot服务器坏了,它返回一个空的图像与文本版本1.1.4 # # # # # #额外功能:* * * BUG修复:在装饰图案——删除加载LowMACA对象allPfamAnalysis版本1.1.3 # # # # # #额外功能:* * * BUG修复:——删除写LowMACA对象allPfamAnalysis装饰图案和示例# # # # # #版本1.1.2额外功能:* * * BUG修复:-新的allPfamAnalysis和lfmSingleSequence并行实现。嵌套平行部分避免和并行端完全暴露给用户——并行vignette和例子减少到2芯# # # # # # 1.1.0版附加功能:-新的lfmSingleSequence方法新的lmPlotSingleSequence方法-新的allPfamAnalysis函数检查的一致性LowMACA对象当方法熵和mapMutations被称为——保护lmPlot现在是一个参数,nullProfile和熵方法——添加了“基准”对齐选项:当一个选择和基因,包含了LowMACA使用整个组序列包含了驱动对齐,然后过滤掉只有选择序列。通过这种方式,每个序列模式包含了多个alignemnt位置相同,无视的子集序列选择的分析。——包含了模式,增加了可能性执行校准使用HMM模型从包含下载网站(例如http://pfam.xfam.org/family/PF00001/hmm,嗯,用于构建PF00001)。——lmPlot consensuc序列分割成更小的碎片可以提高可读性的阴谋——LowMACA装饰图案包括一段“allPfamAnalysis”BUG修复功能:——因为“所有”也代表一种白血病的象征,肿瘤类型“所有”取代“all_tumors”——改善装饰图案(包含prot情节)- BUG修复在阅读领域的边界——lmPlot打字错误在并行化方法文档固定一些non-TCGA标准突变类型现在从getMutations删除功能(“融合”、“COMPLEX_INDEL”、“八世删除”、“Splice_Site_SNP”、“Indel”)——名称空间是改善整个motifStack删除导入的包和Biostrings包——motifStack通用的“阴谋”方法取代plotMotifLogo函数来防止冲突devtools load_all 1.2.1 # # # # # #版本BMC生物信息学出版之后添加引用