描述-----------第一个GenoGAM包是向生物领域引入广义加法模型(GAM)迈出的第一步。实现主要是围绕出色的mgcv包完成的,它提供了一个非常灵活的GAM框架。然而,灵活性是以增加运行时和更大的开销为代价的。在GenoGAM的新版本中,mgcv被专为生物应用优化的GAM框架所取代,显著减少了运行时间和开销。2.0版本的新功能----------------------------- o简化底层基础设施,因为在GenoGAM的核心mgcv包替换为内部构建GAM模型优化的生物应用。这大大降低了开销,从而减少了运行时和内存消耗。o GenoGAMDataSet现在可以有效地从summarizeexperiment对象创建o访问GenoGAMSettings类,以修改模型计算的全局设置o包括在不同级别上的日志记录,以便于维护和调试o包括覆盖非常低的区域的第二惩罚(一阶)。o包括对HDF5后端大型数据集的所有功能的广泛单元测试,如1.0版本中缺失的人类基因组特征------------------------------------------这些特征目前缺失,但将包括在下一个版本中o质量检查图o在峰值调用中估计峰值宽度o过滤o ggplot2绘图用于GenoGAM拟合对象o访问结和模型特征IND开发的系数------------------------------------------这些特性目前正在实现(与上面的特性一起)o更多的分布(特别是准二项式和高斯分布)o更好的质量检查图o记录到文件和并行环境中o作为Gviz对象绘图