变化在5.3版本中o新VCF提取证明cisAssoc VCF-SummarizedExperiment分析o GGtools保存遗产/迁移的目的;使用gQTLBase gQTLstats而不是4.11版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o评价和calfig提供培养评价eQTL-based GWAS达到预测o cisAssoc添加获取试验数据从SummarizedExperiment和变异的VCF keepMapCache现在默认为TRUE o o CisConfig实例命名对称我们现在有cisScores和transScores操作CisConfig和TransConfig实例分别添加transeqByCluster阿()为反式嵌套并发搜索o添加TransConfig类来控制反式搜索,并相应地修改transScores o hmm878,染色质的地图GM12878染色质状态评估的充实o添加gffprocess()时使用。cis用于生成chunk-specific gff3: gffprocess使用外部排序/ grep / tabix统一成一个块tabix-indexed gff3 o pifdr()已经更改,以避免近似的网格和计算装箱排列分数更迅速地使用嘘();旧行为可恢复与遗留ciseqByCluster阿= TRUE()使用嵌套的并发执行cis搜索4.10版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o大幅修订后的小插图4.9版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o。独联体接受CisConfig实例定义参数的cis搜索4.7版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o的snplocsDefault()函数添加到简化SNPlocs.Hsapiens.dbSNP的合适选择。*一个共同的价值对于所有使用o sensanal()函数目前sensiCisInput实例提供一个概览的灵敏度分析cis-eQTL搜索4.6版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o best.cis参数分析的主要工具。eQTLs transScores。与meta.best.cis Multipopulation分析处理。eQTLs meta.transScores。阿高的基因型数据量已经被包装ExpressionSet和解决chromosome-specific SnpMatrix实例;要求表达+基因型数据是针对包通过GGBase介导::会。o两种数据过滤参数,可联合使用的主要工具是exFilter,运营在表达组件之前,任何分析,和smFilter作用于整个smlSet。exFilter可用于分离样品感兴趣的工作流程,例如当一个表达式+基因型包包含样本不同的组织在同一个人。o 2012年6月:在best.cis.eQTLs exFilter设施妥善处理。mchr o 2012年5月:best.cis。eQTLs has getDFFITS option o march 2010: gwSnpTests and so forth are deprecated in favor of simpler interfaces that can be more readily parallelized. New IRanges-based computations for cis restrictions will be introduced CHANGES IN VERSION 3.0 ---------------------- o march 2008: complete overhaul to use snpMatrix genotype representation. gwSnpScreen is main interface o manage warnings of ff.[ a bit better, May 13 2012 o racExSet is not a primary tool any more; smlSet is