Zinbwave

doi：10.18129/b9.bioc.zinbwave

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Zinbwave。

RNA-seq数据的零泄漏的负二项式模型

生物导体版本：3.10

实现通用且灵活的零膨胀的负二项模型，该模型可用于提供单细胞RNA-seq数据的低维表示。该模型解释了零通货膨胀（辍学），过度分散和数据的计数性质。该模型还解释了库大小的差异以及批处理效果和/或其他协变量的差异，从而避免了对数据进行预伸缩的需求。

作者：Davide Risso [AUT，CRE，CPH]，Svetlana Gribkova [aut]，Fanny Perraudeau [aut]，Jean-Philippe Vert [aut]，Clara Bagatin [aut]

维护者：davide risso

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ zinbwave”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Zinbwave”）

html	R脚本	Zinbwave Vignette
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	维度，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（2。5年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 3.4），方法，总结性特征，，，，Singlecellexperiment
进口	生物比较，，，，软增生，统计GeneFilter，，，，EDGER，，，，矩阵
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，矩阵，，，，马格里特，，，，scrnaseq，，，，GGPLOT2，，，，Biomart，，，，生物使用，，，，RTSNE，，，，deseq2，，，，Seurat
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/drisso/zinbwave/issues
取决于我
进口我	簇发酵，，，，SCBFA
建议我	飞溅
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Zinbwave_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	zinbwave_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	Zinbwave_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zinbwave
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/zinbwave
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/zinbwave/
软件包下载报告	下载统计