XCMS

doi:10.18129/b9.bioc.xcms

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅XCMS

LC-MS和GC-MS数据分析

生物导体版本:3.10

色谱分离和单光谱质谱数据的处理和可视化框架。从AIA/ANDI NETCDF,MZXML,MZDATA和MZML文件中导入。预处理数据,用于高通量,未定位的分析物分析。

作者:Colin A. Smith ,ralf tautenhahn > gmail.com>,Steffen Neumann ,Paul Benton 在ucdavis.edu>上,约翰内斯·雷纳(Johannes Rainer

维护者:Steffen Neumann

引用(从r内,输入引用(“ XCMS”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ xcms”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

BrowseVignettes(“ XCMS”)

html R脚本 将FTICR-MS数据与XCMS分组
html R脚本 使用XCMS的LC-MS/MS数据分析
html R脚本 LCMS数据预处理和XCMS分析
html R脚本 XCMS中的新功能和修改的功能
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 免疫学,,,,质谱,,,,代谢组学,,,,软件
版本 3.8.2
在生物导体中 Bioc 1.6(R-2.1)或更早(> 15年)
执照 GPL(> = 2) +文件执照
要看 R(> = 2.14.0),方法,生物酶,,,,生物比较(> = 1.8.0),MSNBase(> = 2.9.3)
进口 MZR(> = 2.19.5),生物基因,,,,蛋白质(> = 1.17.2),格子,,,,rcolorbrewer,,,,plyr,,,,拉恩,,,,多检验,,,,MassSpececebeet(> = 1.5.2),S4VECTORS,,,,鲁棒,,,,iranges
链接
建议 生物使用,,,,表情,,,,尼特(> = 1.1.0),法阿科,,,,MSDATA(> = 0.25.1),NCDF4,,,,RGL,,,,微实验,,,,测试,,,,潘德,,,,马格里特,,,,害怕,,,,pheatmap
系统要求
增强 rgraphviz,,,,rmpi,,,,XML
URL https://github.com/sneumann/xcms
BugReports https://github.com/sneumann/xcms/issues/new
取决于我 相机,,,,法阿科,,,,弗拉姆,,,,IPO,,,,洛布斯塔斯,,,,变代,,,,metams,,,,NCGTW,,,,profia,,,,pth2O2lipids
进口我 相机,,,,集团,,,,Cosmiq,,,,梅特,,,,Risa
建议我 clumsid,,,,MassSpececebeet,,,,MSDATA,,,,M型,,,,mtbls2,,,,rforpoteomics,,,,rmassbank
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 XCMS_3.8.2.tar.gz
Windows二进制 xcms_3.8.2.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) xcms_3.8.2.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcms
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/xcms
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/xcms/
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