火神

DOI:10.18129 / B9.bioc.vulcan

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅火神

使用网络虚拟ChIP-Seq数据分析

Bioconductor版本:3.10

火神(虚拟ChIP-Seq分析通过网络)是一个包,质问基因调控网络来推断辅因子显著富集微分绑定签名来自ChIP-Seq数据。为了这样做,我们的包结合了策略不同BioConductor包:DESeq对于数据规范化,ChIPpeakAnno和DiffBind ChIP-Seq基因组注释和定义的山峰,csaw定义最优峰值宽度和毒蛇申请监管网络微分绑定签名。

作者:费德里科•m . Giorgi Florian Markowetz安德鲁·n控股

维护人员:费德里科•m . Giorgi <费德里科•。在gmail.com giorgi >

从内部引用(R,回车引用(“火神”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“火神”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“火神”)

PDF R脚本 火神:虚拟ChIP-Seq分析通过网络
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeq,GeneExpression,NetworkEnrichment,软件,SystemsBiology
版本 1.8.0
Bioconductor自 BioC 3.6 (r - 3.4)(2.5年)
许可证 LGPL-3
取决于 R (> = 3.4),ChIPpeakAnno,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,动物园,GenomicRanges,S4Vectors,毒蛇,DiffBind,locfit
进口 wordcloud,csaw,gplots,统计,跑龙套,caTools、图形、DESeq,Biobase
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建议 vulcandata
SystemRequirements
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 vulcan_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 vulcan_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) vulcan_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vulcan
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/火神
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/vulcan/
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