火神

DOI:10.18129 / B9.bioc.vulcan

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅火神。

使用网络虚拟ChIP-Seq数据分析

Bioconductor版本:3.10

火神(虚拟ChIP-Seq分析通过网络)是一个包,质问基因调控网络来推断辅因子显著富集微分绑定签名来自ChIP-Seq数据。为了这样做,我们的包结合了策略不同BioConductor包:DESeq对于数据规范化,ChIPpeakAnno和DiffBind ChIP-Seq基因组注释和定义的山峰,csaw定义最优峰值宽度和毒蛇申请监管网络微分绑定签名。

作者:费德里科•m . Giorgi Florian Markowetz安德鲁·n控股

维护人员:费德里科•m . Giorgi <费德里科•。在gmail.com giorgi >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“火神”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“火神”)

PDF	R脚本	火神:虚拟ChIP-Seq分析通过网络
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文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,GeneExpression,NetworkEnrichment,软件,SystemsBiology
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(2.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 3.4),ChIPpeakAnno,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,动物园,GenomicRanges,S4Vectors,毒蛇,DiffBind,locfit
进口	wordcloud,csaw,gplots,统计,跑龙套,caTools、图形、DESeq,Biobase
链接
建议	vulcandata
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	flowSpecs
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	vulcan_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	vulcan_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	vulcan_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vulcan
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/火神
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/vulcan/
包下载报告	下载数据