vsn

DOI:10.18129 / B9.bioc.vsn

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见vsn．

微阵列数据方差稳定与校正

Bioconductor版本:3.10

该软件包实现了一种规范微阵列强度的方法，适用于单色和多色阵列。它也可以用于来自其他技术的数据，只要它们具有类似的格式。该方法使用极大似然估计的鲁棒变体，用于加乘误差模型和仿射校准。该模型包括数据校准步骤(即归一化)、方差对平均强度的依赖模型和方差稳定数据转换。转换强度之间的差异类似于“归一化对数比”。然而，与后者相比，它们的方差与均值无关，在检测差异转录时通常更敏感和特异。

作者:Wolfgang Huber，由Anja von Heydebreck贡献。其中包括Dennis Kostka、David Kreil、Hans-Ulrich Klein、Robert Gentleman、Deepayan Sarkar和Gordon Smyth等用户的许多评论和建议

维护者:Wolfgang Huber < Wolfgang。Huber在embl.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("vsn")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“vsn”)

超文本标记语言	R脚本	vsn简介(HTML版本)
PDF	R脚本	vsn的似然计算
PDF		用模拟数据验证和评估性能
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列，OneChannel，预处理，软件，TwoChannel
版本	3.54.0
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 15年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.4.0)，Biobase
进口	方法,affy，limma，晶格，ggplot2
链接
建议	affydata，hgu95av2cdf，BiocStyle，knitr，dplyr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.orghttp://www.ebi.ac.uk/huber
全靠我	affyPara，cellHTS2，MmPalateMiRNA，rnaseqGene，webbioc
进口我	arrayQualityMetrics，coexnet，DAPAR，部，Doscheda，ExpressionNormalizationWorkflow，imageHTS，LVSmiRNA，metaseqR，MSnbase，NormalyzerDE，PowerExplorer，pvca，林格，tilingArray
建议我	adSplit，beadarray，BiocCaseStudies，DESeq，DESeq2，雌激素，flowVS，ggbio，GlobalAncova，globaltest，limma，光民，PAA，《暮光之城》
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	vsn_3.54.0.tar.gz
Windows二进制	vsn_3.54.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	vsn_3.54.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vsn
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/vsn
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/vsn/
软件包下载报告	下载数据