这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅variancePartition。
Bioconductor版本:3.10
量化和解释多个源生物技术基因表达变化的实验。使用一个线性混合模型来量化基因表达的变化归因于个人,组织,时间点,或技术变量。包括梦微分表达式分析重复措施。
作者:加布里埃尔·e·霍夫曼
维护人员:加布里埃尔·e·霍夫曼<加布里埃尔。霍夫曼在mssm.edu >
从内部引用(R,回车引用(“variancePartition”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“variancePartition”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“variancePartition”)
R脚本 | 1)使用variancePartition教程 | |
HTML | R脚本 | 2)额外的可视化 |
R脚本 | 3)随机效应的理论和实践 | |
HTML | R脚本 | 4)梦想:微分表达式测试重复测量设计 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BatchEffect,DifferentialExpression,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,回归,软件,转录组 |
版本 | 1.16.1 |
Bioconductor自 | BioC 3.2 (r - 3.2)(4.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (> = 3.5.0),ggplot2,limma,foreach,尺度,Biobase、方法 |
进口 | 质量,pbkrtest(> = 0.4 - 4),lmerTest,迭代器样条函数,colorRamps,BiocParallel,gplots,进步,reshape2,lme4-10年(> = 1.1),doParallelgrDevices,图形,跑龙套,统计数据 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,老鸨,rmarkdown,刨边机,dendextend,tximport,tximportData,舞会礼服,DESeq2,RUnit,BiocGenerics,r2glmm,readr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | BioMM,马斯喀特 |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | variancePartition_1.16.1.tar.gz |
Windows二进制 | variancePartition_1.16.1.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | variancePartition_1.16.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variancePartition |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ variancePartition |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/variancePartition/ |
包下载报告 | 下载数据 |