variancePartition

DOI:10.18129 / B9.bioc.variancePartition

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅variancePartition

量化和解释潜水员多层次基因表达变化的实验

Bioconductor版本:3.10

量化和解释多个源生物技术基因表达变化的实验。使用一个线性混合模型来量化基因表达的变化归因于个人,组织,时间点,或技术变量。包括梦微分表达式分析重复措施。

作者:加布里埃尔·e·霍夫曼

维护人员:加布里埃尔·e·霍夫曼<加布里埃尔。霍夫曼在mssm.edu >

从内部引用(R,回车引用(“variancePartition”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“variancePartition”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“variancePartition”)

PDF R脚本 1)使用variancePartition教程
HTML R脚本 2)额外的可视化
PDF R脚本 3)随机效应的理论和实践
HTML R脚本 4)梦想:微分表达式测试重复测量设计
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BatchEffect,DifferentialExpression,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,微阵列,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,回归,软件,转录组
版本 1.16.1
Bioconductor自 BioC 3.2 (r - 3.2)(4.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.5.0),ggplot2,limma,foreach,尺度,Biobase、方法
进口 质量,pbkrtest(> = 0.4 - 4),lmerTest,迭代器样条函数,colorRamps,BiocParallel,gplots,进步,reshape2,lme4-10年(> = 1.1),doParallelgrDevices,图形,跑龙套,统计数据
链接
建议 BiocStyle,knitr,老鸨,rmarkdown,刨边机,dendextend,tximport,tximportData,舞会礼服,DESeq2,RUnit,BiocGenerics,r2glmm,readr
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进口我 BioMM,马斯喀特
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包档案

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源包 variancePartition_1.16.1.tar.gz
Windows二进制 variancePartition_1.16.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) variancePartition_1.16.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variancePartition
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ variancePartition
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/variancePartition/
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