universalmotif

DOI:10.18129 / B9.bioc.universalmotif

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见universalmotif．

使用R导入、修改和导出图案

Bioconductor版本:3.10

允许将最常见的motif类型导入到R中，以供其他Bioconductor motif相关包提供的函数使用。motif可以从其他Bioconductor包定义的各种类导出到大多数主要motif格式。包括一套主题和序列操作和分析功能，包括丰富，比较，p值计算，洗牌，修剪，高阶主题等。

作者:Benjamin Jean-Marie Tremblay [aut, cre]

维护者:Benjamin Jean-Marie Tremblay

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("universalmotif")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“universalmotif”)

PDF	R脚本	“普遍主题”简介
PDF	R脚本	序列主题介绍
PDF	R脚本	Motif比较和p值
PDF	R脚本	主题导入、导出和操作
PDF	R脚本	序列操作和扫描
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GeneRegulation，MotifAnnotation，MotifDiscovery，软件
版本	1.4.10
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	方法，统计，效用，质量，ggplot2，猿，ggtree，ggseqlogo，yaml，Rcpp，Rdpack(> = 0.7),Biostrings，BiocGenerics，processx，S4Vectors，rlang
链接	Rcpp，RcppThread
建议	拼写，knitr，bookdown，TFBSTools，rmarkdown，MotifDb，testthat，Logolas，BiocParallel，seqLogo，motifStack，dplyr
SystemRequirements
增强了	MotIV，PWMEnrich，rGADEM，motifRG
URL	https://github.com/bjmt/universalmotif
BugReports	https://github.com/bjmt/universalmotif/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	universalmotif_1.4.10.tar.gz
Windows二进制	universalmotif_1.4.10.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	universalmotif_1.4.10.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/universalmotif
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/universalmotif
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/universalmotif/
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