tximport

DOI:10.18129 / B9.bioc.tximport

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见tximport．

导入和总结转录水平估计用于转录和基因水平分析

Bioconductor版本:3.10

导入转录本水平丰度，估计计数和转录本长度，并总结为下游基因水平分析包使用的矩阵。平均转录本长度，由样本特异性转录本丰度估计加权，作为一个矩阵，可用于基因水平计数的不同表达的偏移。

作者:Michael Love [cre,aut]， Charlotte Soneson [aut]， Mark Robinson [aut]， Rob Patro [ctb]， Andrew Parker Morgan [ctb]， Ryan C. Thompson [ctb]， Matt Shirley [ctb]， Avi Srivastava [ctb]

维护者:Michael Love

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("tximport")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“tximport”)

超文本标记语言	R脚本	使用tximport导入文本丰度数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GeneExpression，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，软件，转录，转录组
版本	1.14.2
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(四年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口	Utils, stats，方法
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，tximportData，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，readr(> = 0.2.2),limma，刨边机，csaw，DESeq2(> = 1.11.6),rhdf5，jsonlite，matrixStats，矩阵，鱼池
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/tximport
全靠我
进口我	alevinQC，BgeeCall，IsoformSwitchAnalyzeR，KnowSeq，RcwlPipelines，tximeta
建议我	强盗，DESeq2，HumanTranscriptomeCompendium，SummarizedBenchmark，variancePartition
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	tximport_1.14.2.tar.gz
Windows二进制	tximport_1.14.2.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	tximport_1.14.2.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximport
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tximport
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tximport/
软件包下载报告	下载数据