twoddpcr

DOI:10.18129 / B9.bioc.twoddpcr

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见twoddpcr

对二维液滴数字PCR (ddPCR)数据进行分类,并量化起始分子的数量

Bioconductor版本:3.10

双PCR包从Bio-Rad的QuantaSoft获取液滴数字PCR (ddPCR)液滴振幅数据,并可以对液滴进行分类。可以生成正/负液滴计数的摘要,然后可以使用泊松分布来估计分子的数量。这是第一个开放源码包,便于一般双通道ddPCR数据的自动分类。之前的工作包括“definetherain”(Jones et al., 2014)和“ddpcRquant”(Trypsteen et al., 2015),它们都只处理一个通道的ddPCR实验。CRAN上提供的“ddpcr”包(Attali等人,2016)只支持对特定类别的双通道ddpcr实验进行自动门控。

作者:Anthony Chiu [aut, cre]

维护者:Anthony Chiu < Anthony at achiu.me>

引文(从R内,输入引用(“twoddpcr”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("twoddpcr")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“twoddpcr”)

超文本标记语言 R脚本 twoddpcr:液滴数字PCR分析包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类软件ddPCR
版本 1.10.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(3年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.4)
进口 ggplot2hexbin、方法、尺度闪亮的,统计,utils,RColorBrewerS4Vectors
链接
建议 devtoolsknitrreshape2rmarkdowntestthatBiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL http://github.com/CRUKMI-ComputationalBiology/twoddpcr/
BugReports http://github.com/CRUKMI-ComputationalBiology/twoddpcr/issues/
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 twoddpcr_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 twoddpcr_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) twoddpcr_1.10.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/twoddpcr
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ twodpcr
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/twoddpcr/
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