三层
DOI:10.18129 / B9.bioc.triplex
此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见三层．
搜索和可视化的分子内三聚体形成序列在DNA
Bioconductor版本:3.10
该软件包提供了DNA序列中潜在的分子内三层模式的识别和可视化功能。其主要功能是检测能够折叠成更大序列的分子内三联体(H-DNA)的子序列的位置。潜在的H-DNA(三联体)应该由尽可能多的正常核苷酸三联体组成。该软件包包括显示精确的1D, 2D或3D基础配对的可视化。
作者:Jiri Hon, Matej Lexa, Tomas Martinek和Kamil Rajdl, Daniel Kopecek贡献
维护者:Jiri Hon < Jiri。亲爱的在gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“三”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("triplex")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(三层)
| R脚本 | Triplex用户指南 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | GeneRegulation，SequenceMatching，软件 |
| 版本 | 1.26.0 |
| 在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(7年) |
| 许可证 | BSD_2_clause +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 2.15.0)，S4Vectors(> = 0.5.14),IRanges(> = 2.5.27),XVector(> = 0.11.6),Biostrings(> = 2.39.10) |
| 进口 | 方法、网格GenomicRanges |
| 链接 | S4Vectors，IRanges，XVector，Biostrings |
| 建议 | rgl(> = 0.93.932),BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，rtracklayer |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://www.fi.muni.cz/~lexa/triplex/ |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | triplex_1.26.0.tar.gz |
| Windows二进制 | triplex_1.26.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | triplex_1.26.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/triplex |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/triplex |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/triplex/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
