三层

DOI:10.18129 / B9.bioc.triplex

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见三层

搜索和可视化的分子内三聚体形成序列在DNA

Bioconductor版本:3.10

该软件包提供了DNA序列中潜在的分子内三层模式的识别和可视化功能。其主要功能是检测能够折叠成更大序列的分子内三联体(H-DNA)的子序列的位置。潜在的H-DNA(三联体)应该由尽可能多的正常核苷酸三联体组成。该软件包包括显示精确的1D, 2D或3D基础配对的可视化。

作者:Jiri Hon, Matej Lexa, Tomas Martinek和Kamil Rajdl, Daniel Kopecek贡献

维护者:Jiri Hon < Jiri。亲爱的在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“三”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("triplex")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(三层)

PDF R脚本 Triplex用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneRegulationSequenceMatching软件
版本 1.26.0
在Bioconductor BioC 2.12 (R-3.0)(7年)
许可证 BSD_2_clause +文件许可证
取决于 R (>= 2.15.0),S4Vectors(> = 0.5.14),IRanges(> = 2.5.27),XVector(> = 0.11.6),Biostrings(> = 2.39.10)
进口 方法、网格GenomicRanges
链接 S4VectorsIRangesXVectorBiostrings
建议 rgl(> = 0.93.932),BSgenome.Celegans.UCSC.ce10rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL http://www.fi.muni.cz/~lexa/triplex/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 triplex_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 triplex_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) triplex_1.26.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/triplex
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/triplex
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/triplex/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网