跨石

doi:10.18129/b9.bioc.transite

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅跨石

RNA结合蛋白基序分析

生物导体版本:3.10

Transite是一种计算方法,可以通过利用先前存在的基因表达数据和RNA结合蛋白结合偏好的当前知识来全面分析RNA结合蛋白在各种细胞过程中的调节作用。

作者:Konstantin Krismer [AUT,CRE,CPH],Anna Gattinger [aut],迈克尔·耶夫[THS,CPH],伊恩·坎内尔[THS]

维护者:MIT.edu的Konstantin Krismer

引用(从r内,输入引用(“跨石”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ transite”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ transite”)

html R脚本 频谱基序分析(SPMA)
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 差异性,,,,基因表达,,,,基因烯,,,,遗传学,,,,微阵列,,,,软件,,,,转录,,,,Mrnamicroarray
版本 1.4.0
在生物导体中 Bioc 3.8(R-3.5)(1。5年)
执照 麻省理工学院 +文件执照
要看 R(> = 3.5)
进口 生物基因(> = 0.26.0),生物弦(> = 2.48.0),dplyr(> = 0.7.6),基因组机(> = 1.32.6),GGPLOT2(> = 3.0.0),ggseqlogo(> = 0.1),栅格(> = 2.3),方法,并行,RCPP(> = 0.12.18),(> = 1.0.0),统计,TFMPVALUE(> = 0.0.8),UTILS
链接 RCPP(> = 0.12.18)
建议 尼特(> = 1.20),rmarkDown(> = 1.10),roxygen2(> = 6.1.0)
系统要求 C ++ 11
增强
URL https://transite.mit.edu
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 transite_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 transite_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) transite_1.4.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transite
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/跨矿石
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/transite/
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