transcriptogramer

DOI:10.18129 / B9.bioc.transcriptogramer

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见transcriptogramer

基于转录图的转录分析

Bioconductor版本:3.10

R包用于基于转录图的转录分析,这是一种分析转录组的方法,将表达值投射到一组有序蛋白质上,其排列方式是基因产物参与同一代谢途径的概率随着排序的两个蛋白质之间距离的增加而呈指数下降。因此,转录谱是全基因组的基因表达谱,为细胞代谢提供了一个全局视图,同时表明其表达被改变的基因集。

作者:Diego Morais [aut, cre], Rodrigo Dalmolin [aut]

维护者:Diego Morais

引文(从R内,输入引用(“transcriptogramer”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“transcriptogramer”)

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细节

biocViews 聚类DifferentialExpressionGeneExpressionGeneSetEnrichmentGraphAndNetworkImmunoOncology微阵列网络RNASeq软件SystemsBiology转录可视化
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(2.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R(>= 3.4),方法
进口 biomaRtdata.tabledoSNOWforeachggplot2,图形,grDevices,igraphlimma平行,进步红色的统计数据,tidyrtopGO
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdownRUnitBiocGenerics
SystemRequirements Java运行时环境(>= 6)
增强了
URL https://github.com/arthurvinx/transcriptogramer
BugReports https://github.com/arthurvinx/transcriptogramer/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 transcriptogramer_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 transcriptogramer_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) transcriptogramer_1.8.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transcriptogramer
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/transcriptogramer
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/transcriptogramer/
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