tradeSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.tradeSeq

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见tradeSeq．

基于轨迹的测序数据差异表达分析

Bioconductor版本:3.10

tradeSeq提供了一种灵活的方法，用于寻找沿一条或多条轨迹差异表达的基因，使用各种适合回答感兴趣问题的测试，例如，发现其表达与伪时间相关的基因，或(在特定区域)沿轨迹差异表达的基因。该方法为每个基因拟合一个广义加性模型(GAM)，并对GAM的参数进行推理。

作者:Koen Van den Berge [aut]， Hector Roux de Bezieux [aut, cre]、凯利·斯特里[ctb]、列文·克莱门特[ctb]、桑德琳·杜杜特[ctb]

维护者:Hector Roux de Bezieux < Hector。Rouxdebezieux在berkeley.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“tradeSeq”)

超文本标记语言	R脚本	“**tradeSeq**的小插图
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，MultipleComparison，RNASeq，回归，测序，SingleCell，软件，TimeCourse，转录组，可视化
版本	1.0.1
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	mgcv，刨边机，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，弹弓，magrittr，RColorBrewer，clusterExperiment，BiocParallel，pbapply，ggplot2，princurve、方法、S4Vectors
链接
建议	knitr，rmarkdown，cowplot，dplyr，tidyr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://statomics.github.io/tradeSeq/index.html
BugReports	https://github.com/statOmics/tradeSeq/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	tradeSeq_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	tradeSeq_1.0.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	tradeSeq_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tradeSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tradeSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tradeSeq/
软件包下载报告	下载数据