topconfects

DOI:10.18129 / B9.bioc.topconfects

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见topconfects．

最高置信效应大小

Bioconductor版本:3.10

根据自信的效果大小对结果进行排名，同时保持错误发现率和错误覆盖陈述率控制。Topconfects是改进可用性的TREAT结果的替代表示，消除p值，而是提供置信界限。主要应用是差异基因表达分析，提供基因排序的信心log2倍变化，但它可以应用于任何效应大小的集合与相关的标准误差。

作者:Paul Harrison [aut, cre]

维护者:Paul Harrison < Paul。Harrison, monash。edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("topconfects")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“topconfects”)

超文本标记语言	R脚本	topconfects概述
超文本标记语言	R脚本	自信折叠变化
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，MultipleComparison，RNASeq，回归，软件，转录组，mRNAMicroarray
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(1年)
许可证	LGPL-2.1 |文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	方法，utils，统计，为了，ggplot2
链接
建议	limma，刨边机，DESeq2，NBPSeq，dplyr，testthat，knitr，rmarkdown，reshape2，tidyr，readr，org.At.tair.db，AnnotationDbi
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pfh/topconfects
BugReports	https://github.com/pfh/topconfects/issues
全靠我
进口我	MetaVolcanoR
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	topconfects_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	topconfects_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	topconfects_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topconfects
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/topconfects
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/topconfects/
软件包下载报告	下载数据