tigre

DOI:10.18129 / B9.bioc.tigre

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见tigre．

基于高斯过程表达重构的转录因子推断

Bioconductor版本:3.10

tigre包实现了我们的高斯过程微分方程模型方法，用于分析单输入motif网络的基因表达时间序列。该包可用于从已知靶基因的表达测量中推断未观察到的转录因子(TF)蛋白浓度，或对TF的候选靶点进行排序。

作者:Antti Honkela, Pei Gao, Jonatan Ropponen, mika - petteri Matikainen, Magnus Rattray, Neil D. Lawrence

维护者:Antti Honkela < Antti。Honkela在赫尔辛基。fi>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("tigre")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“tigre”)

PDF	R脚本	tigre快速指南
PDF	R脚本	tigre用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，GeneExpression，GeneRegulation，微阵列，NetworkInference，软件，TimeCourse，转录
版本	1.40.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(10年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 2.11.0)，BiocGenerics，Biobase
进口	方法,AnnotationDbi，gplots，图形，grDevices，统计，utils，注释，DBI，RSQLite
链接
建议	drosgenome1.db，彪马，光民，BiocStyle，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ahonkela/tigre
BugReports	https://github.com/ahonkela/tigre/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	tigre_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	tigre_1.40.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	tigre_1.40.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tigre
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tigre
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tigre/
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