tRanslatome

DOI:10.18129 / B9.bioc.tRanslatome

这个包是3.10版本的Bioconductor;有关稳定的、最新的发布版本，请参见tRanslatome。

多水平基因表达的比较

Bioconductor版本:3.10

通过比较两种生物条件(治疗与未治疗、疾病与正常、突变与野生型)在不同水平的基因表达(转录组、翻译组、蛋白质组)中检测差异表达基因(DEGs)，使用几种统计方法:秩积、平移效率、t检验、Limma、ANOTA、DESeq、edgeR。使用散点图、直方图、MA图、标准差(SD)图、变异系数(CV)图绘制结果的可能性。检测显著富集的转录后调控因子(rbp, miRNAs等)和基因本体术语，这些术语在之前为两个表达水平鉴定的deg列表中。比较只在其中一个水平或两个水平上丰富的GO术语。计算两个表达式层次的丰富GO词汇表之间的语义相似度得分。用热图、雷达图和柱状图对丰富术语进行直观检查和比较。

作者:Toma Tebaldi, Erik Dassi, Galena Kostoska

维护人员:Toma Tebaldi < Tebaldi at science.unitn。它>，Erik Dassi < Erik。在unitn.it dassi >

安装

要安装此包，请启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!安装BiocManager::install("tRanslatome")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“tRanslatome”)

PDF	R脚本	tRanslatome
PDF		参考手册

细节

biocViews	生物信息学,CellBiology,DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneRegulation,HighThroughputSequencing,微阵列,MultipleComparisons,质量控制,监管,软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (R-3.0)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 2.15.0)，方法limma,sigPathway,anota,DESeq,刨边机,RankProd,topGO,org.Hs.eg.db,GOSemSim,Heatplus,gplots,plotrix,Biobase
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	tRanslatome_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	tRanslatome_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	tRanslatome_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tRanslatome
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tRanslatome
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tRanslatome/
包下载报告	下载数据