synapter

DOI:10.18129 / B9.bioc.synapter

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见synapter

无标签数据分析管道,优化识别和定量

Bioconductor版本:3.10

synapter包提供了重新分析Synapt G2质谱仪上获得的无标签蛋白质组学数据的功能。一次或几次运行,可能与额外的离子迁移分离处理,以提高识别精度,可以结合到其他定量文件,以最大限度地提高识别和定量精度。

作者:Laurent Gatto, Nick J. Bond, Pavel V. Shliaha和Sebastian Gibb。

维护者:Laurent Gatto 和塞巴斯蒂安·吉布<邮件在sebastiangibb.de>

引文(从R内,输入引用(“synapter”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("synapter")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“synapter”)

超文本标记语言 R脚本 使用“突触”结合HDMSe/MSe数据以优化识别和定量
超文本标记语言 R脚本 使用“突触”进行片段匹配
超文本标记语言 R脚本 Synapter2和synergise2
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ImmunoOncologyMassSpectrometry蛋白质组学质量控制软件
版本 2.10.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(7.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R(>= 3.1.0),方法,MSnbase(> = 2.1.2)
进口 RColorBrewer晶格qvalue, utils,工具,BiobaseknitrBiostrings切肉刀(> = 1.3.3),readr(> = 0.2),rmarkdown(> = 1.0)
链接
建议 synapterdata(> = 1.13.2),xtabletestthat(> = 0.8),大脑BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL https://lgatto.github.io/synapter/
全靠我 synapterdata
进口我
建议我 pRolocRforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 synapter_2.10.0.tar.gz
Windows二进制 synapter_2.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) synapter_2.10.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/synapter
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/synapter
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/synapter/
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