synapter

DOI:10.18129 / B9.bioc.synapter

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见synapter．

无标签数据分析管道，优化识别和定量

Bioconductor版本:3.10

synapter包提供了重新分析Synapt G2质谱仪上获得的无标签蛋白质组学数据的功能。一次或几次运行，可能与额外的离子迁移分离处理，以提高识别精度，可以结合到其他定量文件，以最大限度地提高识别和定量精度。

作者:Laurent Gatto, Nick J. Bond, Pavel V. Shliaha和Sebastian Gibb。

维护者:Laurent Gatto 和塞巴斯蒂安·吉布<邮件在sebastiangibb.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("synapter")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“synapter”)

超文本标记语言	R脚本	使用“突触”结合HDMSe/MSe数据以优化识别和定量
超文本标记语言	R脚本	使用“突触”进行片段匹配
超文本标记语言	R脚本	Synapter2和synergise2
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，质量控制，软件
版本	2.10.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 3.1.0)，方法，MSnbase(> = 2.1.2)
进口	RColorBrewer，晶格，qvalue，乘， utils，工具，Biobase，knitr，Biostrings，切肉刀(> = 1.3.3),readr(> = 0.2),rmarkdown(> = 1.0)
链接
建议	synapterdata(> = 1.13.2),xtable，testthat(> = 0.8),大脑，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://lgatto.github.io/synapter/
全靠我	synapterdata
进口我
建议我	pRoloc，RforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	synapter_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	synapter_2.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	synapter_2.10.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/synapter
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/synapter
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/synapter/
软件包下载报告	下载数据