sscu

DOI:10.18129 / B9.bioc.sscu

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见sscu．

所选密码子使用的强度

Bioconductor版本:3.10

该程序包计算细菌种类中密码子使用的选择强度指数。(1)包可以根据Paul Sharp的方法计算所选密码子使用偏差的强度(sscu，也称为s_index)。该方法考虑了背景突变率，只关注在所有细菌种中具有普遍翻译优势的四对密码子。因此，sscu指数在不同物种之间具有可比性。(2)包可以通过明石氏试验检测翻译精度选择的强度。该测试将所有密码子分为四类，特征为保守/可变氨基酸和最佳/非最佳密码子。(3)最优密码子列表(所选密码子)可以通过op_high函数(使用高表达基因与所有基因进行比较来确定最优密码子)，也可以通过op_corre_CodonW/op_corre_NCprime函数(使用Hershberg & Petrov开发的相关方法)计算。用户将有一个用于进一步分析的最佳密码子列表，例如输入明石明的测试。(4)通过optimal_codon_statistics函数和genomic_gc3函数可以计算出详细的密码子使用信息，如RSCU值、高/全基因集中最优密码子数、基因组gc3值等。(5)另外，我们在包中增加了一个测试函数low_frequency_op。 The function try to find the low frequency optimal codons, among all the optimal codons identified by the op_highly function.

作者:孙宇

维护人员:Yu Sun

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("sscu")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，遗传学，软件，WholeGenome
版本	2.16.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(4年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.3)
进口	Biostrings(> = 2.36.4),seqinr(> = 3.1 3),BiocGenerics(> = 0.16.1)
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	sscu_2.16.0.tar.gz
Windows二进制	sscu_2.16.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	sscu_2.16.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sscu
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sscu
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sscu/
软件包下载报告	下载数据