sparseDOSSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.sparseDOSSA

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见sparseDOSSA．

模拟合成丰度的稀疏数据观测

Bioconductor版本:3.10

该软件包提供了一个基于模型的贝叶斯方法来表征和模拟微生物组数据。sparseDOSSA的模型将每个微生物特征的边缘分布捕捉为截断的零膨胀对数正态分布，参数分布为父对数正态分布。该模型可以有效地拟合参考微生物数据集，以参数化微生物和群落，或模拟相似种群结构的合成数据集。最重要的是，它允许用户包含已知的特征-特征和特征-元数据相关性结构，从而为宏基因组数据分析的统计方法基准测试提供了金标准。

作者:任博宇， Emma Schwager< Emma。schwager at gmail.com>， Timothy Tickle， Curtis Huttenhower

维护人员:Boyu Ren， Emma Schwager < Emma。schwager at gmail.com>， George Weingart< George。Weingart在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("sparseDOSSA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“sparseDOSSA”)

超文本标记语言	R脚本	模拟合成丰度的稀疏数据观测(sparseDOSSA)
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯，ImmunoOncology，宏基因组，微生物组，软件
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	属性,跑龙套,optparse，质量，tmvtnorm(> = 1.4.10),MCMCpack
链接
建议	knitr，BiocStyle，BiocGenerics，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	sparseDOSSA_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	sparseDOSSA_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	sparseDOSSA_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sparseDOSSA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sparseDOSSA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sparseDOSSA/
软件包下载报告	下载数据