弹弓
DOI:10.18129 / B9.bioc.slingshot
此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见弹弓．
订购单细胞测序的工具
Bioconductor版本:3.10
提供用于推断低维数据中连续的分支谱系结构的函数。Slingshot被设计用于模拟单细胞RNA测序数据中的发育轨迹，并作为降维和聚类后分析管道中的组件。它足够灵活，可以处理任意多的分支事件，并允许通过监督图构造合并先验知识。
作者:Kelly Street [aut, cre, cph]， Davide Risso [aut]， Diya Das [aut]， Sandrine Dudoit [ths]， Koen Van den Berge [ctb]， Robrecht Cannoodt [ctb]
维护者:Kelly Street < Street。凯利在gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“弹弓”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("slingshot")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“弹弓”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 微分拓扑 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 弹弓 |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | 聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 3.5)，princurve(>= 2.0.4)， stats |
| 进口 | 猿，图形，grDevices，igraph，matrixStats、方法、SingleCellExperiment，SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | BiocGenerics，BiocStyle，clusterExperiment，命运，gam，knitr，mclust，mgcv，RColorBrewer，rgl，rmarkdown，testthat，covr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/kstreet13/slingshot/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | tradeSeq |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | slingshot_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | slingshot_1.4.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | slingshot_1.4.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slingshot |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/slingshot |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/slingshot/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
