签名者

DOI:10.18129 / B9.bioc.signeR

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见签名者

变异特征发现的经验贝叶斯方法

Bioconductor版本:3.10

signeR包提供了一种发现突变签名的经验贝叶斯方法。它被设计用于分析癌症基因组中的单核苷酸变异(SNV)计数,但也可以应用于其他特征。还提供了根据暴露模式表征签名或基因组样本的功能。

作者:Rafael Rosales, Rodrigo Drummond, Renan Valieris, Israel Tojal da Silva

维护者:Renan Valieris < Renan。Valieris在accamargo.org.br>

引文(从R内,输入引用(“签名者”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("signeR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“签名者”)

超文本标记语言 R脚本 签名者
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GenomicVariation软件SomaticMutationStatisticalMethod可视化
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证 GPL-3
取决于 VariantAnnotationNMF
进口 BiocGenericsBiostrings,图形,grDevices,GenomeInfoDbGenomicRangesIRangesnloptr,方法,统计,utils,PMCMR
链接 RcppRcppArmadillo(> = 0.7.100)
建议 knitrrtracklayerBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL https://github.com/rvalieris/signeR
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 signeR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 signeR_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) signeR_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signeR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/signeR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/signeR/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网