signatureSearch

DOI:10.18129 / B9.bioc.signatureSearch

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见signatureSearch．

结合功能富集分析的基因表达搜索环境

Bioconductor版本:3.10

该软件包实现了用于执行基因表达签名(GES)搜索的算法和数据结构，并随后使用专门的富集方法对结果进行功能解释。

作者:段玉柱[cre, aut]， Thomas Girke [aut]

维护:Yuzhu Duan

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("signatureSearch")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“signatureSearch”)

超文本标记语言	R脚本	signatureSearch
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DifferentialExpression,去,GeneExpression,KEGG,NetworkEnrichment,测序,软件
版本	1.0.4
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.6.0)，Rcpp,SummarizedExperiment
进口	AnnotationDbi,ggplot2,data.table,ExperimentHub,HDF5Array,magrittr,RSQLite,dplyr,fgsea,尺度、方法、qvalue，统计，utils，reshape2,visNetwork,BiocParallel,fastmatch,矩阵,clusterProfiler,readr,剂量,rhdf5,GSEABase,DelayedArray
链接	Rcpp
建议	knitr,testthat,rmarkdown,BiocStyle,org.Hs.eg.db
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/yduan004/signatureSearch/
BugReports	https://github.com/yduan004/signatureSearch/issues
全靠我
进口我	signatureSearchData
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	signatureSearch_1.0.4.tar.gz
Windows二进制	signatureSearch_1.0.4.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	signatureSearch_1.0.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signatureSearch
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/signatureSearch
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/signatureSearch/
软件包下载报告	下载数据