seqplots

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqplots

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅seqplots。

交互式可视化的工具挥动信号和序列图案密度以及基因组功能使用平均情节和热图

Bioconductor版本:3.10

SeqPlots是阴谋的工具基于下一代测序(上天)实验的信号跟踪,如从ChIP-seq读取覆盖率、RNA-seq和DNA可访问性化验DNase-seq和MNase-seq等在用户指定的基因特性,如启动子、基因的身体,等。它还可以计算从参考基因组序列图案密度配置文件。数据可视化为平均信号剖面情节,错误估计(标准误差和95%置信区间)显示为字段,或一系列的热图,可以使用层次聚类,分类和集群k - means算法和自组织映射。情节可以准备使用R编程语言或基于浏览器的图形用户界面(GUI)使用闪亮的实现框架。运行软件的双重目的的实现允许本地桌面或部署在服务器上。SeqPlots是有用的探索性数据分析和准备复制,出版质量的情节。软件的其他功能包括协作和数据共享功能,以及储存能力预计算结果矩阵,结合许多测序实验和in-silico生成的跟踪与多个不同的特性。这些二进制文件可以进一步用于生成新组合的情节在飞,运行自动批处理操作或与同事分享,谁能调整自己的绘图参数没有装载实际跟踪和重新计算数值。SeqPlots继电器Bioconductor包装上,主要是对数据输入和BSgenome rtracklayer包参考基因组序列和注释。

作者:Przemyslaw Stempor (aut、cph cre)

维护人员:Przemyslaw Stempor < ps562在cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“seqplots”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“seqplots”)

HTML	R脚本	SeqPlots GUI
HTML	R脚本	SeqPlots快速启动
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,可视化
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.2.0)
进口	方法,IRanges,BSgenome,消化,rtracklayer,GenomicRanges,Biostrings,闪亮的(> = 0.13.0),DBI,RSQLite,plotrix,字段、网格kohonen平行,GenomeInfoDb,类,S4Vectors,ggplot2,reshape2,gridExtra,jsonlite,DT(> = 0.1.0),RColorBrewer,Rsamtools,GenomicAlignments,BiocManager
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,covr
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/przemol/seqplots
BugReports	http://github.com/przemol/seqplots/issues
取决于我
进口我	ChIPSeqSpike
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	seqplots_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	seqplots_1.24.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	seqplots_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqplots
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqplots
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqplots/
包下载报告	下载数据