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seqCAT
DOI:10.18129 / B9.bioc.seqCAT
此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见seqCAT．
高通量测序细胞认证工具包
Bioconductor版本:3.10
seqCAT包使用来自高通量测序技术的可变调用数据(以VCF文件的形式)来验证和验证科学研究中使用的生物样本的来源、功能和特征。
作者:Erik Fasterius [aut, cre]
维护者:Erik Fasterius < Erik。Fasterius在outlook.com>
引用(从R中，输入引用(“seqCAT”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:
browseVignettes(“seqCAT”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | seqCAT:高吞吐量测序细胞认证工具包 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 报道，GenomicVariation，测序，软件，VariantAnnotation |
| 版本 | 1.8.1 |
| 在Bioconductor公司 | BioC 3.6 (R-3.4)(2.5年) |
| 许可证 | MIT +文件许可证 |
| 取决于 | R (>= 3.6)，GenomicRanges(> = 1.26.4),VariantAnnotation(> = 1.20.3) |
| 进口 | dplyr(> = 0.5.0),GenomeInfoDb(> = 1.13.4),ggplot2(>= 2.2.1)，网格(>= 3.5.0)，IRanges(>= 2.8.2)，方法，rtracklayer，rlang，尺度(> = 0.4.1),S4Vectors(>= 0.12.2)， stats，SummarizedExperiment(> = 1.4.0),tidyr(>= 0.6.1)， utils |
| 链接 | |
| 建议 | knitr，BiocStyle，rmarkdown，testthat，BiocManager |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 给我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。
| 源包 | seqCAT_1.8.1.tar.gz |
| Windows二进制 | seqCAT_1.8.1.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | seqCAT_1.8.1.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/seqCAT |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/seqCAT |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/seqCAT/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
