颈背

DOI:10.18129 / B9.bioc.scruff

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅颈背

单细胞RNA-Seq UMI过滤主持人(颈背)

Bioconductor版本:3.10

管道的进程单细胞RNA-seq (scRNA-seq)读取CEL-seq和CEL-seq2协议。分工scRNA-seq FASTQ文件,读取对齐使用Rsubread参考基因组,并生成UMI过滤数矩阵。还提供了可视化的读取比对和预处理和post-alignment质量控制指标。

作者:哲王(aut (cre) Junming胡锦涛(aut),约书亚·坎贝尔(aut)

维护人员:哲王<哲bu.edu >

从内部引用(R,回车引用(颈背)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(颈背)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(颈背)

HTML R脚本 过程单细胞RNA-Seq使用颈背读
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 对齐,ImmunoOncology,预处理,质量控制,RNASeq,测序,SingleCell,软件,技术,可视化,WorkflowStep
版本 1.4.2
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(1.5年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 data.table,GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,Rsamtools,ShortRead平行,plyr,BiocGenerics,BiocParallel,S4Vectors,AnnotationDbi,Biostrings、方法、ggplot2,ggthemes,尺度,GenomeInfoDb,stringdist,ggbio,rtracklayer,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment
链接
建议 BiocStyle,knitr,rmarkdown,Rsubread,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/campbio/scruff/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 scruff_1.4.2.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) scruff_1.4.2.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scruff
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/颈背
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scruff/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网