食物

DOI:10.18129 / B9.bioc.scran

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅食物。

单细胞RNA-Seq数据分析的方法

Bioconductor版本:3.10

实现功能的低级单细胞分析RNA-seq数据。方法是提供标准化的特异性偏见,转让细胞周期阶段,高度变量和显著相关基因的检测,识别标记基因,在常规单细胞分析工作流和其他常见的任务。

作者:亚伦Lun (aut (cre),卡斯滕巴赫(aut), Kim Jong Kyoung[所有],安东尼奥Scialdone(施)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“残渣”)

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文档

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browseVignettes(“残渣”)

HTML	R脚本	用食物来分析scRNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,聚类,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化
版本	1.14.6
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment
进口	SummarizedExperiment,S4Vectors,BiocGenerics,BiocParallel,Rcpp、数据、方法、效用,矩阵,嘘,刨边机,limma,BiocNeighbors,igraph,statmod,DelayedArray,DelayedMatrixStats,BiocSingular,dqrng
链接	Rcpp,beachmat,黑洞,dqrng
建议	testthat,BiocStyle,knitr,beachmat,HDF5Array,scRNAseq,dynamicTreeCut,DESeq2,单片眼镜,Biobase,aroma.light,pheatmap
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我	基础知识,scDblFinder,scDD
建议我	后面;,CellTrails,clusterExperiment,fcoex,HCAData,PCAtools,schex,司康饼,simpleSingleCell,单,飞溅,TabulaMurisData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scran_1.14.6.tar.gz
Windows二进制	scran_1.14.6.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	scran_1.14.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scran
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/残渣
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scran/
包下载报告	下载数据