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scfind
DOI:10.18129 / B9.bioc.scfind
此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见scfind．
一个搜索工具单细胞RNA-seq数据的基因列表
Bioconductor版本:3.10
最近，一个非常大的单细胞RNA-seq (scRNA-seq)数据集已经生成并公开发布。为了使集合有用，信息必须以支持与研究人员相关的查询的方式进行组织。“scfind”从scRNA-seq数据集中构建一个索引，该索引以合适和紧凑的方式组织信息，以便可以非常有效地搜索数据集中表达给定基因列表的细胞或细胞类型。
作者:Vladimir Kiselev
维护者:Vladimir Kiselev < Vladimir .yu。Kiselev在gmail.com>
引文(从R内，输入引用(“scfind”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scfind")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“scfind”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | “scfind”包装小插图 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | DataRepresentation，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录，转录组 |
| 版本 | 1.8.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(2.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.4) |
| 进口 | SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，方法，统计，位，dplyr，哈希，reshape2，Rcpp(> = 0.12.12) |
| 链接 | Rcpp |
| 建议 | knitr，rmarkdown，testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/hemberg-lab/scfind |
| BugReports | https://support.bioconductor.org/t/scfind/ |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | scfind_1.8.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scfind_1.8.0.zip |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | scfind_1.8.0.tgz |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scfind |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scfind |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scfind/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
