SCGPS

doi：10.18129/b9.bioc.scgps

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅SCGPS。

从识别亚群到分析其关系（SCGPS =单细胞全局的亚种群预测），对单细胞亚群的完整分析

生物导体版本：3.10

该软件包实现了两种主要算法来回答两个关键问题：分数（最佳分辨率下的稳定聚类）以查找亚群，然后是SCGP，以研究亚群之间的关系。

作者：Quan Nguyen [AUT，CRE]，Michael Thompson [AUT]，Anne Senabouth [AUT]

维护者：quan nguyen

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ scgps”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ SCGPS”）

html	R脚本	亚群的单细胞全球命运潜力
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	聚类，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件
版本	1.0.0
在生物导体中	Bioc 3.10（R-3.6）（<6个月）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.6），总结性特征，，，，DynamiCtreCut，，，，Singlecellexperiment
进口	Glmnet（> 2.0），商在（> = 6.0），GGPLOT2（> = 2.2.1），快速积分，，，，dplyr，，，，RCPP，，，，rcpparmadillo，，，，rcppparallel，grdevices，图形，统计，utils，deseq，，，，Locfit
链接	RCPP，，，，rcpparmadillo，，，，rcppparallel
建议	矩阵（> = 1.2），测试，，，，尼特， 平行，rmarkDown，，，，rcolorbrewer，，，，Reactomepa，，，，clusterProfiler，，，，牛仔图，，，，org.hs.eg.db，，，，RESHAPE2，，，，xlsx，，，，Dendextend，，，，NetworkD3，，，，RTSNE，，，，生物比较，，，，E1071，，，，WGCNA，，，，DevTools，，，，剂量
系统要求	gnu做
增强
URL
BugReports	https://github.com/imb-computational-genomics-lab/scgps/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	scgps_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	scgps_1.0.0.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	SCGPS_1.0.0.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scgps
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/scgps
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/scgps/
软件包下载报告	下载统计