scBFA

DOI:10.18129 / B9.bioc.scBFA

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scBFA。

降维工具使用基因检测模式,以减轻scRNA-seq嘈杂的表达谱

Bioconductor版本:3.10

这个包是为了模型的基因检测模式scRNA-seq通过二次因子分析模型。这个模型允许用户进入一个单元级别协变量矩阵X和基因水平占讨厌方差协变量矩阵Q (e。g批效果),它将输出一个低维嵌入矩阵下游分析。

作者:李Ruoxin (aut (cre),杰拉尔德Quon (aut)

维护人员:李Ruoxin < uskli ucdavis.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scBFA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scBFA”)

HTML	R脚本	为scRNA-seq基因检测分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,BatchEffect,DimensionReduction,GeneExpression,KEGG,质量控制,SingleCell,软件,转录组
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,修拉,质量,zinbwave统计数据,连系动词,ggplot2,DESeq2、跑龙套、网格方法
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,Rtsne
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ucdavis/quon-titative-biology/BFA
BugReports	https://github.com/ucdavis/quon-titative-biology/BFA/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scBFA_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	scBFA_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	scBFA_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scBFA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scBFA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scBFA/
包下载报告	下载数据