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scAlign
DOI:10.18129 / B9.bioc.scAlign
这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scAlign。
一个对齐单细胞基因组学和集成方法
Bioconductor版本:3.10
深度学习的方法对数据对齐、集成和估计每个细胞的差异使数据在数据集(如基因表达)(条件、组织、物种)。看到约翰森和Quon (2019)
作者:纳尔逊·约翰森(aut (cre),杰拉尔德Quon (aut)
维护人员:纳尔逊·约翰森< njjohansen ucdavis.edu >
从内部引用(R,回车引用(“scAlign”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scAlign”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“scAlign”)
| R脚本 | alignment_tutorial | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DimensionReduction,NeuralNetwork,SingleCell,软件,转录组 |
| 版本 | 1.2.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.9 (r - 3.6)(1年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.5),SingleCellExperiment(> = 1.4),修拉(> = 2.3.4),tensorflow,purrr,irlba,Rtsne,ggplot2、方法、跑龙套模糊神经网络,PMA |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown,testthat |
| SystemRequirements | tensorflow python (< 3.7) |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/quon-titative-biology/scAlign |
| BugReports | https://github.com/quon-titative-biology/scAlign/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | scAlign_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | scAlign_1.1.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scAlign |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scAlign |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scAlign/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
