scAlign

DOI:10.18129 / B9.bioc.scAlign

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scAlign

一个对齐单细胞基因组学和集成方法

Bioconductor版本:3.10

深度学习的方法对数据对齐、集成和估计每个细胞的差异使数据在数据集(如基因表达)(条件、组织、物种)。看到约翰森和Quon (2019) 为更多的细节。

作者:纳尔逊·约翰森(aut (cre),杰拉尔德Quon (aut)

维护人员:纳尔逊·约翰森< njjohansen ucdavis.edu >

从内部引用(R,回车引用(“scAlign”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scAlign”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scAlign”)

PDF R脚本 alignment_tutorial
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DimensionReduction,NeuralNetwork,SingleCell,软件,转录组
版本 1.2.0
Bioconductor自 BioC 3.9 (r - 3.6)(1年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.5),SingleCellExperiment(> = 1.4),修拉(> = 2.3.4),tensorflow,purrr,irlba,Rtsne,ggplot2、方法、跑龙套模糊神经网络,PMA
进口
链接
建议 knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements tensorflow python (< 3.7)
增强了
URL https://github.com/quon-titative-biology/scAlign
BugReports https://github.com/quon-titative-biology/scAlign/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 scAlign_1.2.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) scAlign_1.1.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scAlign
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scAlign
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scAlign/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
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