Sracipe

doi：10.18129/b9.bioc.sracipe

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Sracipe。

模拟基因调节电路的系统生物学工具

生物导体版本：3.10

Sracipe实现了一种基于基于基因电路建模的随机化方法。它使我们仅使用其拓扑结构研究基因表达噪声和参数变化对任何基因调节电路（GRC）的影响，并模拟具有多个噪声水平的随机动力学参数的模型集合。对生成基因表达的统计分析揭示了各种表型态的吸引和稳定性及其与内在和外在噪声相关的变化。Sracipe提供了整体图片，以评估细胞过程的随机性和参数变化的影响。

作者：Vivek Kohar

维护者：vivek kohar

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ sracipe”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Sracipe”）

html	R脚本	基因调节电路模拟的系统生物学工具
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	基因表达，，，，结肠管制，，，，遗传学，，，，数学生物学，，，，研究菲尔德，，，，软件，，，，系统生物学
版本	1.2.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（1年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	r（> = 3.5.0），总结性特征， 方法，RCPP，，，，闪亮的
进口	丝绸，，，，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，，，，大量的，，，，rcolorbrewer，，，，栅格，，，，Visnetwork，，，，GPLOTS，，，，UMAP，，，，htmlwidgets，，，，S4VECTORS，，，，生物基因，grdevices，统计，utils，图形，Shinyjs
链接	RCPP
建议	尼特，，，，生物使用，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/vivekkohar/sracipe
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	sracipe_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	sracipe_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	sracipe_1.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sracipe
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/sracipe
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/sracipe/
软件包下载报告	下载统计