ropls

doi：10.18129/b9.bioc.ropls

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅ropls。

PCA，PLS（-DA）和OPLS（-DA）用于多变量分析和特征OMICS数据的特征选择

生物导体版本：3.10

带有主组件分析（PCA）和部分最小二乘（PLS）的潜在变量建模是可视化，回归，分类和特征选择的强大方法，其中变量数量超过样本数量，并且变量之间具有多重共线性。正交局部最小二乘（OPL）使变化（预测）与感兴趣因素和不相关（正交）变化的变异相关（预测）。在与PLS相似的同时，OPLS促进了解释。这些化学计量学技术的成功应用包括光谱数据，例如拉曼光谱，核磁共振（NMR），质谱法（MS）在代谢组学和蛋白质组学中，以及转录组学数据。除了得分，负载和权重图外，该软件包还提供指标和图形，以确定最佳组件数量（例如，使用R2和Q2系数），通过置换测试，检测异常值和执行特征选择，检查模型的有效性（例如，在投影或回归系数中具有可变的重要性）。可以通过WorkFlow4Metabolomics.org在线资源（基于银河系环境）上的在线资源上的用户界面访问该软件包。

作者：Etienne A. Thevenot

维护者：Etienne A. Thevenot

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ ropls”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ ropls”）

html	R脚本	小插图标题
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	分类，，，，免疫学，，，，脂质组学，，，，质谱，，，，代谢组学，，，，委托人，，，，蛋白质组学，，，，回归，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.18.8
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（4。5年）
执照	塞西尔
要看	生物酶
进口	图形，grdevices，方法，多胎，统计
链接
建议	生物基因，，，，生物使用，，，，尼特，，，，多检验，，，，Omicade4，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL	http://dx.doi.org/10.1021/acs.jproteome.5b00354
取决于我	生物签名
进口我	ASIC，，，，lipidr，，，，profia，，，，RQT
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	ropls_1.18.8.tar.gz
Windows二进制	ropls_1.18.8.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	ROPLS_1.18.8.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ropls
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/ropls
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/ropls/
软件包下载报告	下载统计