rhdf5

DOI:10.18129 / B9.bioc.rhdf5

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅rhdf5。

R接口HDF5

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了一个接口HDF5和r . HDF5之间的主要功能是存储和访问的能力非常大的和/或复杂的数据集和各种元数据海量存储器(磁盘)通过一个完全可移植文件格式。rhdf5包是适合大型和/或复杂的交换数据集之间的R和其他软件包,让R应用工作大于可用内存的数据集。

作者:贝恩德•费舍尔(aut),格雷戈勒加索尔(aut),迈克·史密斯(aut (cre),马丁•摩根(施)丹尼尔·范Twisk(施)

维护人员:迈克史密斯<迈克。史密斯在embl.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“rhdf5”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“rhdf5”)

HTML	R脚本	rhdf5
HTML	R脚本	rhdf5实用技巧
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,基础设施,软件
版本	2.30.1
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 15年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.5.0)方法
进口	Rhdf5lib(> = 1.3.2)
链接	Rhdf5lib
建议	bit64,BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,微基准测试,dplyr,ggplot2
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/grimbough/rhdf5
BugReports	https://github.com/grimbough/rhdf5/issues
取决于我	GenoGAM,GSCA,HDF5Array,HiCBricks,LoomExperiment
进口我	BgeeCall,biomformat,bsseq,CoGAPS,CopyNumberPlots,cTRAP,diffHic,DmelSGI,DropletUtils,EventPointer,gep2pep,h5vc,HiCcompare,电离,KnowSeq,遐,phantasus,PureCN,司康饼,signatureSearch,signatureSearchData,紧身的
建议我	刨边机,激流回旋,SummarizedExperiment,tximport
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	rhdf5_2.30.1.tar.gz
Windows二进制	rhdf5_2.30.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	rhdf5_2.30.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rhdf5
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ rhdf5
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rhdf5/
包下载报告	下载数据