regionReport

DOI:10.18129 / B9.bioc.regionReport

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见regionReport．

为一组基因组区域或DESeq2/edgeR结果生成HTML或PDF报告

Bioconductor版本:3.10

生成HTML或PDF报告，以探索一组区域，例如derfinder执行的碱基对分辨率下RNA-seq数据的注释不确定表达式分析结果。您还可以为DESeq2或edgeR结果创建报告。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre]——安德鲁·e·杰夫[au]， Jeffrey T. Leek [aut, ths]

维护者:Leonardo Collado-Torres

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“regionReport”)

超文本标记语言	R脚本	基础基因组区域探索
超文本标记语言	R脚本	使用bumphunter结果报告示例
超文本标记语言	R脚本	regionReport简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，DifferentialPeakCalling，ImmunoOncology，RNASeq，ReportWriting，测序，软件，转录，可视化
版本	1.20.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.2)
进口	BiocStyle(> = 2.5.19),derfinder(> = 1.1.0版),反编排，DESeq2，GenomeInfoDb，GenomicRanges，knitcitations(> = 1.0.1),knitr(> = 1.6),knitrBootstrap(>= 0.9.0)，RefManageR，rmarkdown(> = 0.9.5),S4Vectors，SummarizedExperiment
链接
建议	BiocManager，biovizBase，bumphunter(> = 1.7.6),derfinderPlot(> = 1.3.2),sessioninfo，DT，DESeq，刨边机，ggbio(> = 1.13.13),ggplot2、网格gridExtra，IRanges，mgcv，pasilla，pheatmap，RColorBrewer，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，晶须
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/leekgroup/regionReport
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/regionReport/
全靠我
进口我	recountWorkflow
建议我	重新计票
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	regionReport_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	regionReport_1.20.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	regionReport_1.20.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/regionReport
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/regionReport
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/regionReport/
软件包下载报告	下载数据