重新计票

DOI:10.18129 / B9.bioc.recount

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见重新计票

从重新计票项目中探索和下载数据

Bioconductor版本:3.10

在https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/上浏览和下载重新计票项目的数据。使用计数包,您可以下载基因,外显子或外显子-外显子连接级别的rangedsummarizeexperimental对象,原始计数,使用的表型元数据,特定研究的样本覆盖率bigWig文件或平均覆盖率bigWig文件的url。不同的包可以使用rangedsummarizeexperiment对象来执行差异表达式分析。使用//www.anjoumacpherson.com/packages/derfinder,您可以使用来自http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n4/full/nbt.3838.html中描述的重新计数项目的数据执行与注释无关的差异表达式分析。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre],阿比纳夫·内洛尔[ctb],安德鲁·e·贾菲[ctb], Margaret A. Taub [ctb], Kai Kammers [ctb], Shannon E. Ellis [ctb],卡斯珀·丹尼尔·汉森[ctb],本·朗米德[ctb],杰弗里·t·里克[aut, th]

维护人员:Leonardo Collado-Torres

引用(从R中,输入引用(“讲述”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" count")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“讲述”)

超文本标记语言 R脚本 DESeq2的基本结果探索
超文本标记语言 R脚本 重新计票快速启动指南
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文本 新闻

细节

biocViews 报道DataImportDifferentialExpressionGeneExpressionImmunoOncologyRNASeq测序软件
版本 1.12.1
Bioconductor自 BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.3.0),SummarizedExperiment
进口 BiocParallelderfinder下载器GEOqueryGenomeInfoDbGenomicRangesIRanges、方法、RCurlrentrezrtracklayer(> = 1.35.3),S4Vectors统计,跑龙套
链接
建议 AnnotationDbiBiocManagerBiocStyle(> = 2.5.19),DESeq2sessioninfoEnsDb.Hsapiens.v79GenomicFeaturesknitcitationsknitr(> = 1.6),org.Hs.eg.dbRefManageRregionReport(> = 1.9.4),rmarkdown(> = 0.9.5),testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/leekgroup/recount
BugReports https://support.bioconductor.org/t/recount/
取决于我
进口我 psichomicsrecountWorkflow
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 recount_1.12.1.tar.gz
Windows二进制 recount_1.12.1.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) recount_1.12.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recount
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/重新计票
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/recount/
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