rcellminer

DOI:10.18129 / B9.bioc.rcellminer

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见rcellminer．

rcellminer: NCI-60细胞系的分子特征和药物反应

Bioconductor版本:3.10

几十年来，NCI-60癌细胞系面板一直被用作抗癌药物筛选。该小组是作为美国国家癌症研究所(NCI)的发育治疗计划(DTP, http://dtp.nci.nih.gov/)的一部分而开发的。在NCI-60上已经测试了数千种化合物，这些化合物已被许多平台广泛表征，包括基因和蛋白质表达、拷贝数、突变等(Reinhold, et al.， 2012)。CellMiner项目(http://discover.nci.nih.gov/ CellMiner)的目的是整合用于分析NCI-60的多个平台的数据，并为探索NCI-60数据提供一套强大的工具。

作者:Augustin Luna, Vinodh Rajapakse, Fabricio Sousa

维护者:Augustin Luna ， Vinodh Rajapakse < Vinodh。rajapakse at nih.gov>， Fathi Elloumi < Fathi。Elloumi在nih.gov>报道

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("rcellminer")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rcellminer”)

超文本标记语言	R脚本	使用rcellminer
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays,Cheminformatics,CopyNumberVariation,GeneExpression,遗传药理学,药物基因组学,软件,SystemsBiology,可视化,aCGH,microrna的
版本	2.8.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(5年)
许可证	LGPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 3.2)，Biobase,rcdk,指纹,rcellminerData
进口	stringr,gplots,ggplot2，方法，统计，utils，闪亮的
链接
建议	knitr,RColorBrewer,sqldf,BiocGenerics,testthat,BiocStyle,jsonlite,d3heatmap,glmnet,foreach,doSNOW、并行
SystemRequirements
增强了
URL	http://discover.nci.nih.gov/cellminer/
全靠我
进口我
建议我	rcellminerData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	rcellminer_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	rcellminer_2.8.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	rcellminer_2.8.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcellminer
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rcellminer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rcellminer/
软件包下载报告	下载数据