rTANDEM

DOI:10.18129 / B9.bioc.rTANDEM

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见rTANDEM．

串联蛋白识别算法的接口

Bioconductor版本:3.10

本包接口串联蛋白识别算法在r中，可在X中启动识别!串联式，通过使用参数文件的路径作为唯一参数。但是rTANDEM也提供了扩展的语法和函数来简化启动分析，以及将结果、参数和分类法转换为r的函数。一个相关的包shinyTANDEM提供了结果对象的可视化接口。

作者:弗雷德里克·富尼耶<弗雷德里克。在crchuq. ulval .ca>，Charles Joly Beauparlant , Rene Paradis , Arnaud Droit

维护者:Frederic Fournier < Frederic。在crchuq. ulval .ca>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("rTANDEM")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rTANDEM”)

PDF	R脚本	rTANDEM用户指南
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.26.0
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(7年)
许可证	art -1.0 |文件许可证
取决于	XML，Rcpp，data.table(> = 1.8.8)
进口	方法
链接	Rcpp
建议	biomaRt
SystemRequirements	rTANDEM使用expat和pthread库。有关详细信息，请参阅README文件。
增强了
URL
全靠我	PGA，sapFinder，shinyTANDEM
进口我	proteoQC
建议我	RforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	rTANDEM_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	rTANDEM_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	rTANDEM_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rTANDEM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rTANDEM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rTANDEM/
软件包下载报告	下载数据