rScudo

DOI:10.18129 / B9.bioc.rScudo

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见rScudo．

诊断目的的基于签名的聚类

Bioconductor版本:3.10

SCUDO(基于特征的诊断聚类)是一种基于等级的方法，用于分析用于诊断和分类的基因表达谱。它是基于样本特异性基因特征的识别，这些基因特征由该样本中上调和下调最多的基因组成。从基因表达数据开始，这个包中的函数识别样本特定的基因签名，并使用它们来构建样本图。在这个图中，根据预先计算的相似矩阵，如果样本具有相似的表达式轮廓，则由边连接。使用类似于GSEA的方法计算两个样本表达谱之间的相似性。然后，样本图可用于执行社区聚类或执行测试集中样本的监督分类。

作者:Matteo Ciciani [aut, cre]， Thomas Cantore [aut]， Enrica Colasurdo [ctb]， Mario Lauria [ctb]

维护者:Matteo Ciciani < Matteo。Ciciani在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rScudo”)

PDF	R脚本	诊断目的的基于签名的聚类
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，分类，聚类，DifferentialExpression，FeatureExtraction，GeneExpression，GraphAndNetwork，网络，蛋白质组学，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	方法、统计数据igraph，stringrgrDevices,Biobase，S4Vectors，SummarizedExperiment，BiocGenerics
链接
建议	testthat，BiocStyle，knitr，rmarkdown，所有，RCy3，脱字符号，e1071平行,doParallel
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Matteo-Ciciani/scudo
BugReports	https://github.com/Matteo-Ciciani/scudo/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	rScudo_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	rScudo_1.2.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	rScudo_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rScudo
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ rscdo
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rScudo/
软件包下载报告	下载数据